Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAACCGGTGAAGAAGGTTGGGGCTTTTTGCTGGCTCTCTCTAGCTATATGCATTGTAGAGCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATGgtgagttactctcttctgacatcatcatcacttgtgaaataattgatctgatttgaaaaattaccttatggtcgcttgattttctcgtgatatatactac...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g48060.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g48060.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G085491_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
CAAACCGGTGAAGAAGGTTGGGGCTTTTTGCTGGCTCTCTCTAGCTATATGCATTGTAGAGCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATGgtgagttactctcttctgacatcatcatcacttgtgaaataattgatctgatttgaaaaattaccttatggtcgcttgattttctcgtgatatatactac---------
||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| |||||| || | | |||||           |||| |  | ||||     |  |   || |||||   |  | |    ||      ||  | |||  |  |  |          
CAAACCGGTGAAGAAGGTTGGAGCCTTCTGTTGGCTCTCTCTAGCTATATGCATAGTGGAGCTGCTTATCTGCATGAAGTTTGGGCATGgtaagcttccctctttcacttgtgaaatcagt-ataaaatctgatacatatgttaaaaaaaggctatgtt-ctgcaaaccgtttgcctgacgttcagcaatctgagcag

upper sequence: LOC_Os05g48060.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G477340_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 12
CAAACCGGTGAAGAAGGTTGGGGCTTTTTGCTGGCTCTCTCTAGCTATATGCATTGTAGAGCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATGgtgagttactctcttctgacatcatcatcacttgtgaaataattgat---ctgatttgaaaaattaccttatggtcgcttgattttctcgtgatatatactac
|||||||| |||||||||||| || || || ||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||| | | |  | |  |  |||        |  || || ||  |    ||  |||  |||||    || |         | ||| |     | |  ||   
CAAACCGGCGAAGAAGGTTGGAGCCTTCTGTTGGCTCTCTCTGGCTATATGCATAGTGGAGCTGCTTATCTGCATGAAGTTTGGGCATGgtgagcttccccttccacatgtcaaatgagtatacgatatgatatactcactcctttctaaaatatagttctttctatcccacttttttcccctgtccac---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86505674|gb|CI148307.1|CI148307
EST:     TCTAGCTATATGCATTGTAGAGCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATG                         GGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
genomic: TCTAGCTATATGCATTGTAGAGCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATGgtgagttact ... atctggatagGGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
EST: gi|86598789|gb|CI355406.1|CI355406
EST:     TATGCATTGTAGAGCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATG                         GGCTGTTTCATGATCCCATCCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
genomic: TATGCATTGTAGAGCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATGgtgagttact ... atctggatagGGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
EST: gi|86497839|gb|CI140472.1|CI140472
EST:     TCTAGCTATATGCATTGTAGAGCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATG                         GGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
genomic: TCTAGCTATATGCATTGTAGAGCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATGgtgagttact ... atctggatagGGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
EST: gi|88978634|gb|CI384975.1|CI384975
EST:     TCTAGCTATATGCATTGTAGAGCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATG                         GGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
genomic: TCTAGCTATATGCATTGTAGAGCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATGgtgagttact ... atctggatagGGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
EST: gi|27547688|gb|CA767380.2|CA767380
EST:     TCTAGCTATATGCATTGTAGAGCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATG                         GGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
genomic: TCTAGCTATATGCATTGTAGAGCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATGgtgagttact ... atctggatagGGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
EST: gi|32948073|gb|BP184645.1|BP184645
EST:     TCTAGCTATATGCATTGTAGAGCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATG                         GGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
genomic: TCTAGCTATATGCATTGTAGAGCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATGgtgagttact ... atctggatagGGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
EST: gi|88286474|gb|CI524973.1|CI524973
EST:     GCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATG                         GGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
genomic: GCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATGgtgagttact ... atctggatagGGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
EST: gi|88260376|gb|CI362669.1|CI362669
EST:     TCTAGCTATATGCATTGTAGAGCTTCTTATATCTATGAACTTTGGACATG                         GGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
genomic: TCTAGCTATATGCATTGTAGAGCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATGgtgagttact ... atctggatagGGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
EST: gi|86413288|gb|CI067693.1|CI067693
EST:     TCNAGCTATATGCATTGTAGAGCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATG                         GGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
genomic: TCTAGCTATATGCATTGTAGAGCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATGgtgagttact ... atctggatagGGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
EST: gi|89188642|gb|CI115891.1|CI115891
EST:     CTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATG                         GGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
genomic: CTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATGgtgagttact ... atctggatagGGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
EST: gi|88460486|gb|CI531959.1|CI531959
EST:     TTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATG                         GGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG
genomic: TTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATGgtgagttact ... atctggatagGGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 46 (upstream exon), 51 (downstream exon)
Score: 3

CAAACCGGTGAAGAAGGTTGGGGCTTTTTGCTGGCTCTCTCTAGCTATATGCATTGTAGAGCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATGgtgagttact ... atctggatagGGCTGTTTCATGATCCCATGCCTACTTGGTTGATCATCTTTTGGAGTTCGGTGGGGGTAGCACTAGTGGTTTTCTTGCTTGCATGGTCTTGGAGGAATCA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAAACCGGTGAAGAAGGTTGGGGCTTTTTGCTGGCTCTCTCTAGCTATATGCATTGTAGAGCTTCTTATATGTATGAAGTTTGGACATGgtgagttactctcttctgacatcatcatcacttgtgaaataattgatctgatttgaaaaattaccttatggtcgcttgattttctcgtgatatatactac

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctctcttc