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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGCTATGATGCCACCACACATTTTGAGACAACGGTGACAGACGTTCTTAATATGTATACACTGATCACTGGAAAGgtaagacacgcttcttttctccatttactttaataaatgtaatgcttctgtctagcagttcaagctaataaccactgataatactttatatattttgtta...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g34540.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g34540.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G117507_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 12
AGCTATGATGCCACCACACATTTTGAGACAACGGTGACAGACGTTCTTAATATGTATACACTGATCACTGGAAAGgtaagacacgcttcttttctccatttactttaataaatgtaatgcttctgtctagcagttcaagctaataaccactgataatactttatatattttgtta-------
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AGCTATGATGCCACCACACATTTTGAGACAACTGTAACAGATGTTCTGAACATGTATACAATGATCACCGGAAAGgtaacatggacttcatctttttatttattggagtga-tgtagc----ctgc--agtagtttttgtactaaaatgttggtcaaacttaagtccaattaaaagaagacc

upper sequence: LOC_Os05g34540.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G077635_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
AGCTATGATGCCACCACACATTTTGAGACAACGGTGACAGACGTTCTTAATATGTATACACTGATCACTGGAAAGgtaagacacgcttcttttctccatttactttaataaatgtaatgcttctgtctagcagttcaagctaataaccactgataatactttatatattttgtta-------
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AGCTATGATGCCACCACACATTTTGAGACAACTGTAACAGATGTTCTGAACATGTATACAATCATCACCGGAAAGgtaacatggacttcatctttttatttattggaatga-tgtagc----ctgc--agtagtttttgtactaaaatgttggtcaaacgtaagtccaattaaaagaacacc

upper sequence: LOC_Os05g34540.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G435373_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 12
AGCTATGATGCCACCACACATTTTGAGACAACGGTGACAGACGTTCTTAATATGTATACACTGATCACTGGAAAGgtaagacacgcttcttttctccatttactttaataaatgtaatgcttctgtctagcagttcaagctaataaccactgataatactttatatattttgtta---
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AGCTATGACGCCACCACACATTTTGAGACAACTGTAACAGATGTCCTGAACATGTATACAATGATCACTGGAAAGgtaacatgaacttcagctttatttttattggagtga-tttagtcatgacttgaaacacatcttgttttgagagatcta-gatacctagca-aggttattaaaa

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88831697|gb|CI369379.1|CI369379
EST:     AGACAACGGTGACAGACGTTCTTAATATGTATACACTGATCACTGGAAAG                         ACTGTTGATCTCAGTGTCGAGTTTGAGTGCTGCCAGTGCTGCTGAAGAATA
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EST: gi|11025547|gb|AU162148.1|AU162148
EST:     GACAACGGTGACAGACGNTCTTAATATGTATACACTGNATCACTGGAAAG                         ACTGTTGATCTCAGTGTCGATTTGAGTGCTGCCAGTGCTGCTGAAGAATAT
genomic: GACAACGGTGACAGACGTTCTTAATATGTATACACTG-ATCACTGGAAAGgtaagacacg ... ctgcttgcagACTGTTGATCTCAGTGTCGATTTGAGTGCTGCCAGTGCTGCTGAAGAATAT
EST: gi|88491379|gb|CI428651.1|CI428651
EST:     TTCTTAATATGTATACACTGATCACTGGAAAG                         ACTGTTGATCTCAGTGTCGATTTGAGTGCTGCCAGTGCTGCTGAAGAATAT
genomic: TTCTTAATATGTATACACTGATCACTGGAAAGgtaagacacg ... ctgcttgcagACTGTTGATCTCAGTGTCGATTTGAGTGCTGCCAGTGCTGCTGAAGAATAT
EST: gi|29644095|gb|CB649102.1|CB649102
EST:     AGACAACGGTGACAGACGTTCTTAATATGTATACACTGATCACTGGAAAG                         ACTGTTGATCTCAGTGTCGATTTGAGTGCTGCCAGTGCTGCTGAAGAATAT
genomic: AGACAACGGTGACAGACGTTCTTAATATGTATACACTGATCACTGGAAAGgtaagacacg ... ctgcttgcagACTGTTGATCTCAGTGTCGATTTGAGTGCTGCCAGTGCTGCTGAAGAATAT
EST: gi|88997045|gb|CI389711.1|CI389711
EST:     AGACAAC-GTGACAGACGTTCTTAATATGTATACACTGATCACTGGAAAG                         ACTGTTGATCTCAGTGTCGATTTGAGTGCTGCCAGTGGCTGCTGAAGAATA
genomic: AGACAACGGTGACAGACGTTCTTAATATGTATACACTGATCACTGGAAAGgtaagacacg ... ctgcttgcagACTGTTGATCTCAGTGTCGATTTGAGTGCTGCCAGT-GCTGCTGAAGAATA
EST: gi|88835971|gb|CI371076.1|CI371076
EST:     AGACAACGGTGACAGACGTTCTTAATATGTATACACTGATCACTGGAAAG                         ACTGTTGATCTCAGTGTCGATTTGAGTGCTGCCAGTGCTGCTGAAGAATAT
genomic: AGACAACGGTGACAGACGTTCTTAATATGTATACACTGATCACTGGAAAGgtaagacacg ... ctgcttgcagACTGTTGATCTCAGTGTCGATTTGAGTGCTGCCAGTGCTGCTGAAGAATAT
EST: gi|94362060|gb|CI052859.1|CI052859
EST:     AGACAACGGTGACAGACGTTCTTAATATGTATACACTGATCACTGGAAAG                         ACTGTTGATCTCAGTGTCGATTTGAGTGCTGCCAGTGCTGCTGAAGAATAT
genomic: AGACAACGGTGACAGACGTTCTTAATATGTATACACTGATCACTGGAAAGgtaagacacg ... ctgcttgcagACTGTTGATCTCAGTGTCGATTTGAGTGCTGCCAGTGCTGCTGAAGAATAT
EST: gi|88552748|gb|CI482786.1|CI482786
EST:     ACAACGGTGACAGACGTTCTTAATATGTATACACTGATCACTGGAAAG                         ACTGTTGATCTCAGTGTCGATTTGAGTGCTGCCAGTGCTGCTGAAGAATAT
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EST: gi|218500356|gb|FG959036.1|FG959036
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EST: gi|27920879|gb|CB096687.1|CB096687
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EST: gi|88469085|gb|CI504805.1|CI504805
EST:     CACTGATCACTGGAAAG                         ACTGTTGATCTCAGTGTCGATTTGAGTGCTGCCAGTGCTGCTGAAGAATAT
genomic: CACTGATCACTGGAAAGgtaagacacg ... ctgcttgcagACTGTTGATCTCAGTGTCGATTTGAGTGCTGCCAGTGCTGCTGAAGAATAT
EST: gi|29674550|gb|CB670825.1|CB670825
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EST: gi|86870306|gb|CI319412.1|CI319412
EST:     AGACAACGGTGACAGACGTTCTTAATATGTATACACTGATCACTGGAAAG                         ACTGTTGATCTCAGTGTCGATTTGAGTGCTGCCAGTGCTGCTGAAGAATAT
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EST: gi|88218810|gb|CI216808.1|CI216808
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EST: gi|88964736|gb|CI084734.1|CI084734
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EST: gi|86823510|gb|CI256447.1|CI256447
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EST: gi|11025894|gb|AU162495.1|AU162495
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EST: gi|88903083|gb|CI088621.1|CI088621
EST:     AGACAACGGTGACAGACGTTCTTAATATGTATACACTGATCACTGGAAAG                         ACTGTTGATATCAGTGTCGATTTGAGTGCTGCCAGTGCTGCTGAAGAATAT
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EST: gi|88906030|gb|CI089616.1|CI089616
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EST: gi|88264158|gb|CI367932.1|CI367932
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EST: gi|86540663|gb|CI180869.1|CI180869
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EST: gi|396941200|gb|HO188409.1|HO188409
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EST: gi|86431065|gb|CI083488.1|CI083488
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EST: gi|66924524|gb|CX111372.1|CX111372
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EST: gi|86864690|gb|CI344233.1|CI344233
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EST: gi|11233279|gb|AU164712.1|AU164712
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EST: gi|88905861|gb|CI002199.1|CI002199
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EST: gi|89194450|gb|CI116887.1|CI116887
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EST: gi|38471265|gb|CF955396.1|CF955396
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EST: gi|86522208|gb|CI162414.1|CI162414
EST:     AGACAACGGTGACAGACGTTCTTAAAATGTATACACTGATCACTGGAAAG                         ACTGTTGATCTCAGTGTCGATTTGAGTGCTGCCAGTGCTGCTGAAGAATAT
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EST: gi|88990851|gb|CI108238.1|CI108238
EST:     AGACAACGGTGACAGACGTTCTTAATATGTATACACTGATCACTGGAAAG                         ACTGTTGATCTCAGTGTCGATTTGAGTGCTGCCAGTGCTGCTGAAGAATAT
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RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 73 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 73

AGCTATGATGCCACCACACATTTTGAGACAACGGTGACAGACGTTCTTAATATGTATACACTGATCACTGGAAAGgtaagacacg ... ctgcttgcagACTGTTGATCTCAGTGTCGATTTGAGTGCTGCCAGTGCTGCTGAAGAATATTAGAGTTCACAATCAAAATCCAATCATTCACAAAGATATAATGCTATTC




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