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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGCTATGATGCCACCACACATTTTGAGACAACGGTGACAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAGgtagatgtgcttccgcctttcattttctttaatctttaatacatgtaatgcttctatattttgtttgaaacacctttttttggaaaggatgaaaattagc...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g23860.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g23860.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G117507_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 12
AGCTATGATGCCACCACACATTTTGAGACAACGGTGACAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAGgtag-atgtgcttccgcctttcattttctttaatctttaatacatgtaat-gcttctatattt---tgtttgaaacacctttttttggaaaggatgaaaattagc
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AGCTATGATGCCACCACACATTTTGAGACAACTGTAACAGATGTTCTGAACATGTATACAATGATCACCGGAAAGgtaacatggacttcatctttttatttattggagtgatgta-gcctgcagtagtttttgtactaaaatgttggtcaaacttaagtccaattaaaa-gaagacc---

upper sequence: LOC_Os05g23860.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G077635_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
AGCTATGATGCCACCACACATTTTGAGACAACGGTGACAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAGgtag-atgtgcttccgcctttcattttctttaatctttaatacatgtaat-gcttctatattt---tgtttgaaacacctttttttggaaaggatgaaaattagc
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AGCTATGATGCCACCACACATTTTGAGACAACTGTAACAGATGTTCTGAACATGTATACAATCATCACCGGAAAGgtaacatggacttcatctttttatttattggaatgatgta-gcctgcagtagtttttgtactaaaatgttggtcaaacgtaagtccaattaaaa-gaacacc---

upper sequence: LOC_Os05g23860.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G435373_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 12
AGCTATGATGCCACCACACATTTTGAGACAACGGTGACAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAGgtag-atgtgcttccgcctttcattttctttaatctttaatacatgtaatgcttctatattttgttt-gaaacacctt--tttttggaaagg--atgaaaattagc
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AGCTATGACGCCACCACACATTTTGAGACAACTGTAACAGATGTCCTGAACATGTATACAATGATCACTGGAAAGgtaacatgaacttcagctttatttttattggagtgatttagtcatgacttgaaac-acatcttgttttgagagatctagatacctagcaaggttattaaaa-----

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88966484|gb|CI353036.1|CI353036
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EST: gi|89190897|gb|CI392750.1|CI392750
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EST: gi|86871470|gb|CI342070.1|CI342070
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EST: gi|9865466|gb|AU101216.1|AU101216
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EST: gi|88834169|gb|CI000533.1|CI000533
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EST: gi|33655823|gb|CF278437.1|CF278437
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EST: gi|88840911|gb|CI080365.1|CI080365
EST:     AGACAACGGTGACAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAG                         GCTGTTGATCTCAGTGTTGATTTGAGTGCTGCCAGTGCCGCTGAAGAATAT
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EST: gi|88323802|gb|CI558823.1|CI558823
EST:     AGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAG                         GCTGTTGATCTCAGTGTTGATTTGAGTGCTGCCAGTGCCGCTGAAGAATAT
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EST: gi|86870784|gb|CI323828.1|CI323828
EST:     AGACAACGGTGACAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAG                         GCTGTTGATCTCAGTGTTGATTTGAGTGCTGCCAGTGCCGCTGAAGAATAT
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EST: gi|88733192|gb|CI756369.1|CI756369
EST:     AGACAACGGTGACAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAG                         GCTGTTGATCTCAGTGTTGATTTGAGTGCTGCCAGTGCCGCTGAAGAATAT
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EST: gi|88842404|gb|CI081660.1|CI081660
EST:     AGACAACGGTGACAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAG                         GCTGTTGATCTCAGTGTTGATTTGAGTGCTGCCAGTGCCGCTGAAGAATAT
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EST: gi|86841033|gb|CI333972.1|CI333972
EST:     AGACAACGGTGACAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAG                         GCTGTTGATCTCAGTGTTGATTTGAGTGCTGCCAGTGCCGCTGAAGAATAT
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EST: gi|27920752|gb|CB096560.1|CB096560
EST:     AGACAACGGTGACAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAG                         GCTGTTGATCTCAGTGTTGATTTGAGTGCTGCCAGTGCCGCTGAAGAATAT
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EST: gi|25797461|gb|CA753422.1|CA753422
EST:     AGACAACGGTGACAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAG                         GCTGTTGATCTCAGTGGTTGATTTGAGTGCTGCCCGTGCCGCTGAAGAATA
genomic: AGACAACGGTGACAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAGgtagatgtgc ... actattgcagGCTGTTGATCTCAGTG-TTGATTTGAGTGCTGCCAGTGCCGCTGAAGAATA
EST: gi|86836554|gb|CI348415.1|CI348415
EST:     AGACAACGGTGACAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACC-GAAAG                         GCTGTTGATCTCAGTGTTGATTTGAGTGCTGCCAGTGCCGCTGAAGAATAT
genomic: AGACAACGGTGACAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAGgtagatgtgc ... actattgcagGCTGTTGATCTCAGTGTTGATTTGAGTGCTGCCAGTGCCGCTGAAGAATAT
EST: gi|89177785|gb|CI390964.1|CI390964
EST:     AGACAACGGTGACAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAG                         GCTGTTGATCTCAGTGTTGATTTGAGTGCTGCCAGTGCCGCTGAAGAATAT
genomic: AGACAACGGTGACAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAGgtagatgtgc ... actattgcagGCTGTTGATCTCAGTGTTGATTTGAGTGCTGCCAGTGCCGCTGAAGAATAT
EST: gi|88295842|gb|CI532803.1|CI532803
EST:     CAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAG                         GCTGTTGATCTCAGTGTTGATTTGAGTGCTGCCAGTGCCNCTGAAGAATAT
genomic: CAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAGgtagatgtgc ... actattgcagGCTGTTGATCTCAGTGTTGATTTGAGTGCTGCCAGTGCCGCTGAAGAATAT
EST: gi|27920430|gb|CB096238.1|CB096238
EST:     AGACAACGGTGACAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAG                         GCTGTTGATCTCAGTGTTGATTTGAGTGCTGCCAGTGCCGCTGAAGAATAT
genomic: AGACAACGGTGACAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAGgtagatgtgc ... actattgcagGCTGTTGATCTCAGTGTTGATTTGAGTGCTGCCAGTGCCGCTGAAGAATAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 72 (upstream exon), 74 (downstream exon)
Score: 20

AGCTATGATGCCACCACACATTTTGAGACAACGGTGACAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAGgtagatgtgc ... actattgcagGCTGTTGATCTCAGTGTTGATTTGAGTGCTGCCAGTGCCGCTGAAGAATATTAGATTTCACAACCAAAGCTCAATCATTTCACAAAGATATGCTTTTTCT




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGCTATGATGCCACCACACATTTTGAGACAACGGTGACAGATGTTCTTAACATGTATACATTGATCACCGGAAAGgtagatgtgcttccgcctttcattttctttaatctttaatacatgtaatgcttctatattttgtttgaaacacctttttttggaaaggatgaaaattagc

- - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttccgcc