Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtattaggaccgtcagtcacatgattttcaaaatgccggacaagcatatcatatgaaaaccatatttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g50480.2
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G109383_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 12
GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaag-tattaggaccgtcagtcacatgattttcaaaatgccggacaagcatatcatatgaaaaccatatttcag
||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||  | | |   |  || ||||||  || || |  | ||   |  ||||  |||||||| ||||||
GAGCATGCCAACATCTGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAACCTTAAGTTCTTTGAGgtaaaatattaaaatcttggtttgcaagatttttgaa-tgtcatataaatctgacataaaaaaaccatgtttcag

upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G023289_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 12
GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaa-gtattaggaccgtcagtcacatgattttcaaaatgccggacaagcatatcatatgaaaaccatatttcag
||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |   |  || ||||||   |||||  || ||  || | | || |||| ||| ||||||
GAGCATGCCAACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTTGCAAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaaagtattaagaccttggtttgcaagatttt--gaatgctagataa--atctaacataaaaaacatgtttcag

upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv01s0011g05370.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtattaggaccgtcagtcacatgattttcaaaatgccggacaagcatatcatatgaaaaccatatttcag---------------------
||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||  |||| ||||| || ||||||||||||     |   ||  |   | | ||  | ||      | |  | |  || | | ||||| |  ||||  |  |                     
GAGTATGCCCACATCTGCTGCTCTTGATGTTGTAGCCAAACATTTAAATCTGAAATTCTTTGAGgtatcctgtttcacattttattagat--tcttttgtgcgtcatatac-cacagc-tatgagaggcatacatttgttattgactgttcaatgccag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58663537|gb|CK052223.1|CK052223
EST:     CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtatta ... catatttcagGTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|55438389|gb|CV732490.1|CV732490
EST:     CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtatta ... catatttcagGTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|45244957|gb|AB118181.1|AB118181
EST:     CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtatta ... catatttcagGTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|58604743|gb|CK015271.1|CK015271
EST:     CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtatta ... catatttcagGTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|58663518|gb|CK052204.1|CK052204
EST:     CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtatta ... catatttcagGTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|58596192|gb|CK006720.1|CK006720
EST:     CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGGTGGAA
genomic: CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtatta ... catatttcagGTGCCTACTGGGTGGAA
EST: gi|58596286|gb|CK006814.1|CK006814
EST:     CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtatta ... catatttcagGTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|218492308|gb|FG946716.1|FG946716
EST:     CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtatta ... catatttcagGTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|163918448|gb|EG711618.1|EG711618
EST:     CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtatta ... catatttcagGTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|33380770|gb|CF196113.1|CF196113
EST:     CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtatta ... catatttcagGTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|58670270|gb|CK058956.1|CK058956
EST:     CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTCGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtatta ... catatttcagGTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|2428319|gb|C72782.1|C72782
EST:     CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGGTGGGAAATTTTTTGGGGACTTGATGGATGCTGGAATGTG
genomic: CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtatta ... catatttcagGTGCCTACTGGGTGG-AAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTG
EST: gi|58671485|gb|CK060171.1|CK060171
EST:     CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtatta ... catatttcagGTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|29689390|gb|CB685665.1|CB685665
EST:     CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtatta ... catatttcagGTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|33381212|gb|CF196555.1|CF196555
EST:     TTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: TTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtatta ... catatttcagGTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|58604363|gb|CK014891.1|CK014891
EST:     CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
genomic: CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtatta ... catatttcagGTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGC
EST: gi|58601534|gb|CK012062.1|CK012062
EST:     CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAG                         GTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTG
genomic: CAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtatta ... catatttcagGTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 64 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 378

GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtatta ... catatttcagGTGCCTACTGGGTGGAAATTTTTTGGGAACTTGATGGATGCTGGAATGTGCTCAATTTGTGGTGAAGAAAGCTTTGGCACTG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTCAAGTTCTTTGAGgtaagtattaggaccgtcagtcacatgattttcaaaatgccggacaagcatatcatatgaaaaccatatttcag

- - - - - - - CAGCTG
- - - - - - -  AGCTGC