Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTGCCATACATGCAATTGGAGATAAAGCCAATGATATGCTACTCGATATGTATGAGAAGGTGGTTGATTTGAATGGAATGAAGGATCATAGATTCCGGgtatgttcttatagtatagcgtaactgtttttttttcccctgtcctcagactcactcttttcaaaaagttaaatatgctgaatggaattcgaactgaaagttgtgtgctaaatcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g72350.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g72350.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G310069_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
ATTGCCATACATGCAATTGGAGATAAAGCCAATGATATGCTACTCGATATGTATGAGAAGGTGGTTGATTTGAATGGAATGAAGGATCATAGATTCCGGgtatgttcttatagtatagcgtaactgtttttttttccc---ctgtcctcag-actcactcttttc------aaaaagttaaatatgctgaatggaattcgaactgaaagt-tgtgtgctaaatcag
 ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||  ||| ||| | |||||||| ||||||  |||||| | ||||||||||||||| |||     ||   |  || ||||| |||  | |   || | || || | | | |  |||       || |   | | | || | | | ||||  ||| ||||  | ||  |    ||||||
GTTGCCATACATGCAATTGGGGATAAAGCTAATGACATACTACTGGATATGGTTGACAAGATTGTTGATTTAAATGGAGCGAAGGACCGTAGATTCCGGgtatgctctatagctacttcagaattgtttctttccctcggactatgcttagtatttatttgtttatcttggaacagactcactctgtttagtagaatctgaattgaatatctgcatttggaatcag