Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGCTAGTGCTGCTTCTGCAGCCACAGTACAAGTGCGCATCTTATTAGATGATGGAACAGCACATGTTTTGCAGCGATCCATTGATGGCCGCAGTGAACCGgttggcaatcatcacttcttattttctcattttttacttcggacagtattttttccttttcttttagttcaattcagtaccttgtgactgtagcaaggca...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g46510.2
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58664662|gb|CK053348.1|CK053348
EST:     AGCACATGTTTTGCAGCGATCCATTGATGGCCGCAGTGAACCG                         GTAATTGGATTGCATGGTGGTGCTTTGCTTGGTGTCACATACCGTACATCT
genomic: AGCACATGTTTTGCAGCGATCCATTGATGGCCGCAGTGAACCGgttggcaatc ... gaccgtgcagGTAATTGGATTGCATGGTGGTGCTTTGCTTGGTGTCACATACCGTACATCT
EST: gi|29626669|gb|CB631680.1|CB631680
EST:     ATGGAACAGCACATGTTTTGCAGCGATCCATTGATGGCCGCAGTGAACCG                         GTAATTGGATTGCAT
genomic: ATGGAACAGCACATGTTTTGCAGCGATCCATTGATGGCCGCAGTGAACCGgttggcaatc ... gaccgtgcagGTAATTGGATTGCAT
EST: gi|58658218|gb|CK046898.1|CK046898
EST:     ATGGAACAGCACATGTTTTGCAGCGATCCATTGATGGCCGCAGTGAACCG                         GTAATTGGATTGCATGGTGGTGCTTTGCTTGGTGTCACATACCGTACATCT
genomic: ATGGAACAGCACATGTTTTGCAGCGATCCATTGATGGCCGCAGTGAACCGgttggcaatc ... gaccgtgcagGTAATTGGATTGCATGGTGGTGCTTTGCTTGGTGTCACATACCGTACATCT
EST: gi|86889062|gb|CI314678.1|CI314678
EST:     GCAGCGATCCATTGATGGCCGCAGTGAACCG                         GTAATTGGATTGCATGGTGGTGCTTTGCTTGGTGTCACATACCGTACATCT
genomic: GCAGCGATCCATTGATGGCCGCAGTGAACCGgttggcaatc ... gaccgtgcagGTAATTGGATTGCATGGTGGTGCTTTGCTTGGTGTCACATACCGTACATCT
EST: gi|25804329|gb|CA760290.1|CA760290
EST:     ATGGAACAGCACATGTTNTGCAGCGATCCATTGATGGCCGCAGTGAACCG                         GTAATTGGATTGCATGGTGGTGCTNTGCTTGGTGTCACATACCGTACATCT
genomic: ATGGAACAGCACATGTTTTGCAGCGATCCATTGATGGCCGCAGTGAACCGgttggcaatc ... gaccgtgcagGTAATTGGATTGCATGGTGGTGCTTTGCTTGGTGTCACATACCGTACATCT
EST: gi|58656516|gb|CK045196.1|CK045196
EST:     AACAGCACATGTTTTGCAGCGATCCATTGATGGCCGCAGTGAACCG                         GTAATTGGATTGCATGGTGGTGCTTTGCTTGGTGTCACATACCGTACATCT
genomic: AACAGCACATGTTTTGCAGCGATCCATTGATGGCCGCAGTGAACCGgttggcaatc ... gaccgtgcagGTAATTGGATTGCATGGTGGTGCTTTGCTTGGTGTCACATACCGTACATCT