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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACCTCAAGAGCAAAGTTTAACTCATGAGCCTTATCTTCCACTAAGCAAGGCAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctcttttctacgatagtttcattttgattggtgtgacttgaggtctagcaaatatctaaatatctaaatatttcagtggcggatccacaggtgg...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os12g42730.4
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87027408|gb|CI270083.1|CI270083
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|88908255|gb|CI090848.1|CI090848
EST:     AATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: AATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|88224053|gb|CI223902.1|CI223902
EST:     AAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: AAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|86504099|gb|CI146732.1|CI146732
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|88993397|gb|CI257825.1|CI257825
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|86499892|gb|CI142525.1|CI142525
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|88243203|gb|CI244325.1|CI244325
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAGGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|29675550|gb|CB671825.1|CB671825
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|86494103|gb|CI136736.1|CI136736
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|86597979|gb|CI278369.1|CI278369
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
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EST: gi|87016555|gb|CI273765.1|CI273765
EST:     AATGTCTAAGCAGATAAAAGAATTATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: AATGTCTAAGCAGATAAAAGAA-TATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|33683221|gb|CF311460.1|CF311460
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTA
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTA
EST: gi|88841936|gb|CI081192.1|CI081192
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|86504648|gb|CI147281.1|CI147281
EST:     TTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
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EST: gi|88842574|gb|CI081830.1|CI081830
EST:     CTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|29677657|gb|CB673932.1|CB673932
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|29680090|gb|CB676365.1|CB676365
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|88832402|gb|CI019343.1|CI019343
EST:     ATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: ATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|88955501|gb|CI091593.1|CI091593
EST:     TAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: TAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|86828040|gb|CI274935.1|CI274935
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|87007380|gb|CI279051.1|CI279051
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGGAGTTCTTTTAAATTATTTGNGGG
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTAT-GAGTT-TTTTAAATTATTTG-GGG
EST: gi|87027933|gb|CI276289.1|CI276289
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|86478430|gb|CI121063.1|CI121063
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|88848132|gb|CI086654.1|CI086654
EST:     AAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: AAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|58612848|gb|CK040560.1|CK040560
EST:     ATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: ATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|89183302|gb|CI045867.1|CI045867
EST:     TCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: TCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|86413971|gb|CI068178.1|CI068178
EST:     AAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: AAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|29658512|gb|CB654787.1|CB654787
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|86499024|gb|CI141657.1|CI141657
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|29675653|gb|CB671928.1|CB671928
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|87020127|gb|CI277859.1|CI277859
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAGTCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|29679977|gb|CB676252.1|CB676252
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|86505218|gb|CI147851.1|CI147851
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|89173889|gb|CI041782.1|CI041782
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|86434724|gb|CI105957.1|CI105957
EST:     AAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: AAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|89193823|gb|CI018141.1|CI018141
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|88246132|gb|CI245981.1|CI245981
EST:     AGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: AGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|88244512|gb|CI243634.1|CI243634
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAGGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|29680085|gb|CB676360.1|CB676360
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|33677717|gb|CF305956.1|CF305956
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|86903266|gb|CI313629.1|CI313629
EST:     ATTCAAAATCTCCCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCTTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTT-GGGTAT
genomic: ATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|66917570|gb|CX104418.1|CX104418
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|29639896|gb|CB644905.1|CB644905
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|87015906|gb|CI279658.1|CI279658
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|218485546|gb|FG969305.1|FG969305
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|86493035|gb|CI135668.1|CI135668
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|29674624|gb|CB670899.1|CB670899
EST:     CAATGTTTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|88224550|gb|CI222730.1|CI222730
EST:     ATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: ATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|29679034|gb|CB675309.1|CB675309
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|88848295|gb|CI086817.1|CI086817
EST:     CGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|89183500|gb|CI046065.1|CI046065
EST:     AGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: AGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
EST: gi|33683222|gb|CF311461.1|CF311461
EST:     CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAG                         ATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT
genomic: CAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctct ... attatttcagATTGACAGAGAGTTCCTAAGAGCTATGAGTTTTTTAAATTATTTGGGGTAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ACCTCAAGAGCAAAGTTTAACTCATGAGCCTTATCTTCCACTAAGCAAGGCAATGTCTAAGCAGATAAAAGAATATGGATTCAAAATCTCGCCACGAGAGgtaattctcttttctacgatagtttcattttgattggtgtgacttgaggtctagcaaatatctaaatatctaaatatttcagtggcggatccacaggtgg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
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