Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGATGATGGGGCTGAATACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctcgcctcctgaatccattatcctaccctggacaattcatggcggtacttctatgctaatgctgtaattctgctgccgtatgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g08005.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g08005.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G000393_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 10
AGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGATGATGGGGCTGAATACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctcgcctc--ctgaatccattat-cctaccctggacaattc--atggcggtacttcta---tgctaatgc-tgtaattctg-ctgccgtatgcag
|| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| || ||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||||||| |   ||  |||   |||| | | |||  |  | |  | || |||  | |    | ||| |    ||||||  | |||  || |  |   ||| | |||
AGTTATGCACACGATGATATATCAGTAGGTTCATGGATGATGGGACTGAATGCAACTTACGTGGATGATGACCGGTTGTGCTGCAGCAGTTCCAGACAAGgtacagcttcttctcaattgaaacaaatatatccgctcccggcagttccaaagaaacttcttttggggtgctaagacatgtttttttaaccatcgtttccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88512797|gb|CI440303.1|CI440303
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88262435|gb|CI366209.1|CI366209
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88263201|gb|CI366975.1|CI366975
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88484676|gb|CI421947.1|CI421947
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|27577598|gb|CB000293.1|CB000293
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|86435305|gb|CI106538.1|CI106538
EST:     TACTACTTATGTT-ATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88995023|gb|CI036598.1|CI036598
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88535689|gb|CI462504.1|CI462504
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88487463|gb|CI424734.1|CI424734
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|86422330|gb|CI059903.1|CI059903
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88834412|gb|CI077695.1|CI077695
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88995018|gb|CI036593.1|CI036593
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88971772|gb|CI389009.1|CI389009
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGCCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACCCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|89184707|gb|CI007132.1|CI007132
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|89181971|gb|CI113477.1|CI113477
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88304561|gb|CI518217.1|CI518217
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|86251665|gb|CI016954.1|CI016954
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88518540|gb|CI446194.1|CI446194
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|29687001|gb|CB683276.1|CB683276
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|86840814|gb|CI335020.1|CI335020
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88264025|gb|CI367799.1|CI367799
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88690259|gb|CI734338.1|CI734338
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88218395|gb|CI218244.1|CI218244
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGCTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|86525598|gb|CI165804.1|CI165804
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88974780|gb|CI023076.1|CI023076
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88463974|gb|CI529511.1|CI529511
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88544183|gb|CI474257.1|CI474257
EST:     TACTACTTATNTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|218479405|gb|FG961659.1|FG961659
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|86547010|gb|CI187216.1|CI187216
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|58688376|gb|CK077063.1|CK077063
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88437292|gb|CI526441.1|CI526441
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGT-
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88829021|gb|CI073891.1|CI073891
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|86525653|gb|CI165859.1|CI165859
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88273878|gb|CI394284.1|CI394284
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88830007|gb|CI074679.1|CI074679
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG
EST: gi|88277473|gb|CI398275.1|CI398275
EST:     TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAG                         AGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGGCGGTG
genomic: TACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 72 (upstream exon), 73 (downstream exon)
Score: 64

AGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGATGATGGGGCTGAATACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctc ... ccgtatgcagAGAAAGTATGTTCCCACGCATGAGTTAGCAGCACGCATGGTTATGACGGTGGTGTCCTGATGAAGAGGTGACGCTGTATATTTTGCCATTTTGTATACAC




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGATGATGGGGCTGAATACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGCAGTTCTAGACAAGgtaaaagctcgcctcctgaatccattatcctaccctggacaattcatggcggtacttctatgctaatgctgtaattctgctgccgtatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC