Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGCACGCTGCTGGCCCACAGTGCTATTCATGGTGCAATGGCCGGCTATAGCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaacttcaagtgatcttatttgttcacatggaaaatgcagaaatgtagtgctcgttacacccgggcatcccatttttttcctgattatccaagagctgttcttactgcattctcatactaagcatcagttccaacttaacgtgaaatcttcccttgatggcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g44922.2
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g44922.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G004932_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 13
CTGCACGCTGCTGGCCCACAGTGCTATTCATGGTGCAATGGCCGGCTATAGCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaacttcaagtgatcttatttgttcacatggaaaatgcagaaatgtagtgctcgttacacccgggcatcccatttttttcctgattatccaagagctgttcttactgcattctcatactaagcatcagttccaacttaacgtgaaatcttcccttgatggcag
||| || || || |||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||| |  |||||||| |||||| |||| ||||||||||| ||||||||       | | |   |        |  || | | | | | | |  |||| |||          |    ||  || || |||  |||       |  |  |  | |||   |   ||||                                          
CTGTACACTTCTAGCCCACAGTGCTATCCATGGTGCAATGGCGGGGTACAGCTTCACTGTTGGGATGGTCAACGGAAGACATACCTATATACCTTTCTACgtgagtaa-------taacccctt--------acagacactacggtatttttctgcttgttg---------actgaatgcttgtcgtgac-atctgctgtatagttctgttacatctgc---ctaaat----------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33678216|gb|CF306455.1|CF306455
EST:     GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|88249313|gb|CI249162.1|CI249162
EST:     GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|88263040|gb|CI366814.1|CI366814
EST:     ATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: ATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|7645974|gb|AU090538.1|AU090538
EST:     AACGGCAGACATGCCTACATNCCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATNTGGGCG
genomic: AACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|58603975|gb|CK014503.1|CK014503
EST:     GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|8527571|gb|AU092386.1|AU092386
EST:     GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|86866480|gb|CI343433.1|CI343433
EST:     ACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACAC-GAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: ACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|89180637|gb|CI044916.1|CI044916
EST:     GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|88839064|gb|CI377988.1|CI377988
EST:     GTTGGAAATGTCAACGCCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         A-GGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTTGGCG
genomic: GTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|86528719|gb|CI168925.1|CI168925
EST:     TGTCAACGGCAGACATGCGTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: TGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|88252866|gb|CI350291.1|CI350291
EST:     TACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: TACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|88990194|gb|CI107620.1|CI107620
EST:     GGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|89180079|gb|CI044358.1|CI044358
EST:     GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGACG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|88243154|gb|CI244276.1|CI244276
EST:     GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|88248407|gb|CI248256.1|CI248256
EST:     CACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: CACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|88838253|gb|CI373613.1|CI373613
EST:     GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|88249459|gb|CI249308.1|CI249308
EST:     GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|88214751|gb|CI214600.1|CI214600
EST:     GCCTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|10611679|gb|AU108415.1|AU108415
EST:     CTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGC
genomic: CTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATA-CCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGC
EST: gi|89186474|gb|CI048146.1|CI048146
EST:     GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|88245544|gb|CI245393.1|CI245393
EST:     GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|88214204|gb|CI214053.1|CI214053
EST:     GTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|89182329|gb|CI113698.1|CI113698
EST:     GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|86255849|gb|CI068298.1|CI068298
EST:     GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCGTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|88838254|gb|CI373614.1|CI373614
EST:     CTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTACTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGC
genomic: CTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTT-CTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGC
EST: gi|88250125|gb|CI249974.1|CI249974
EST:     GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|89177325|gb|CI250774.1|CI250774
EST:     GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGTCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|88244619|gb|CI243741.1|CI243741
EST:     GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|88248233|gb|CI248082.1|CI248082
EST:     GCTTCACTGTTGGGAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|89164298|gb|CI101386.1|CI101386
EST:     GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|86260211|gb|CI066084.1|CI066084
EST:     CTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: CTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|86492894|gb|CI135527.1|CI135527
EST:     GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|89173815|gb|CI041708.1|CI041708
EST:     GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|86487041|gb|CI129674.1|CI129674
EST:     GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCTTCACTGTTGGAAATGTCAACGGCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|89188382|gb|CI115631.1|CI115631
EST:     GCAGACATGCCTACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
genomic: GCAGACATGCCTACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACGGAACAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGGCG
EST: gi|86845059|gb|CI341017.1|CI341017
EST:     TACATACCTTTCTAT                         AGGGTGACATCCACACGCGAAGCAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGG
genomic: TACATACCTTTCTATgtgagtaact ... ttgatggcagAGGGTGACATCCACACG-GAA-CAAGGTCAAGATCACTGATAGGATGTGGG