Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACTTGAAGCCCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccagaaatgttatttgtttttaaaaagcttaatgacttccaccaacttaaactgtcgagatgaagataacattgttttgttgtcgtatggacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g59494.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g59494.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G376731_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
GACTTGAAGCCCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccagaaatgttatttgtttttaaa------aagcttaatgacttcc----accaacttaaactgtcgagatgaagat--aacattgttttgttgtcgtatggacag
|| ||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||  |||| ||||| || |||||||||  ||||   |  ||| |||||||       |   || |||  ||      |||||||||     || |  ||||  |  || |     |  ||||  |  | ||||
GATTTGAAGCCCCGCTTTCATGCCTCTCGATTGCATGGATCACAAACTGGAGATGATGATgtgagtttagaat--tcgtttctttttaagccatttagttttgatggattttgccaaccaacttacctcatcaatttgaatgttgaaaaaaaactacttgtgattcgaacag

upper sequence: LOC_Os04g59494.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G312026_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
GACTTGAAGCCCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccagaaatgttatttgtttttaaaaagcttaatgacttccaccaacttaaactgtcgagatgaa-gataacattgttttgttgtcgtatggacag
|| ||||||||||| |||||||  |||||| | |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||  ||||      |||||||           |||| |||   ||| |  |  ||| |    | || | | | |    ||  | ||  |  | ||||
GATTTGAAGCCCCGCTTCCATGATTCTCGATTGCATGGATCGGAAACTGGAGATGACGATgtgagtttagaa------tttgttt-----------aatggcttttgccacccca--ctgcctcattaaatgttgaaaaaaattactggtgattcgaacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58612862|gb|CK040574.1|CK040574
EST:     CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGAT                         GATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
genomic: CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccag ... gtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
EST: gi|29626307|gb|CB631318.1|CB631318
EST:     CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGAT                         GATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
genomic: CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccag ... gtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
EST: gi|33797567|gb|CF324643.1|CF324643
EST:     CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGAT                         GATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
genomic: CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccag ... gtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
EST: gi|58672477|gb|CK061163.1|CK061163
EST:     AAACCGGAGAAGACGAT                         GATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTA-TGCTGCT
genomic: AAACCGGAGAAGACGATgtgagtccag ... gtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
EST: gi|33678128|gb|CF306367.1|CF306367
EST:     CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGAT                         GATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
genomic: CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccag ... gtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
EST: gi|58662574|gb|CK051260.1|CK051260
EST:     CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGAT                         GATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT
genomic: CCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccag ... gtatggacagGATGATGATGATGCTGTAAATGTTTGGAATTTGAGGAAATGTAGTGCTGCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GACTTGAAGCCCCGGTTCCATGCCTCTCGACTACATGGATCTGAAACCGGAGAAGACGATgtgagtccagaaatgttatttgtttttaaaaagcttaatgacttccaccaacttaaactgtcgagatgaagataacattgttttgttgtcgtatggacag

- - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA