Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGAACATGCTGGTGGGAATACGAAAGTTGGTATTGACTTGGAAGAAGGTGGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcatatgccataaccttccagtatggcataataggtgcacgtactgtatgggaagcacgctgttttttacttttcgtgatacccatgtattcattttttttattatttgcatgtttactggcgagacttaagcaagttggccaacctcatatcatgtgtgttcttttctctcatcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g59020.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g59020.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G381744_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
CTGAACATGCTGGTGGGAATACGAAAGTTGGTATTGACTTGGAAGAAGGTGGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcatatgccataaccttccagtatggcataataggtgcacgtactgtatgggaagcacgctgttttttacttttcgtgatacccatgtattcattttttttattatttgcatgtttactggcgagacttaagcaagttggccaacctcatatcatgtgtgttcttttctctcatcag
|||| |||||| |||| ||| |||||||||| |||||  |||| ||||| |  ||||||||  |||| |   | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||      || |     ||||| |  | || |         | |||  ||    ||  || |||| |  |  | |  | |       |||   | |    | | || |||                                                                  
CTGAGCATGCTAGTGGCAATGCGAAAGTTGGCATTGATCTGGAGGAAGGCGCCTGCAAGGACATCTCGACTTTAAAAATATGGGACCTCTATGTCACAAAgtaagtcag----tatga----acagtaggttagaacaa-------cagtgttgggttttcaaacttttttgtggtaattg-aacatgtgctcattgggtatggaaaatgttcgca------------------------------------------------------------------

upper sequence: LOC_Os03g59020.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G083095_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 11
CTGAACATGCTGGTGGGAATACGAAAGTTGGTATTGACTTGGAAGAAGGTGGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcatatgccataaccttccagtatg-gcataataggtgcacgtactgtatgggaagcacgctgttttttacttttcgtgatacccatgtattcattttttttattatttgcatgtttactggcgagacttaagcaagttggccaacctcatatcatgtgtgttcttttctctcatcag
|||| |||||| |||| |||  ||||||||| |||||| |||| |||||||  ||||||||  || | | | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || | || | |     | |   | || ||| ||  |    |||  |    | ||     ||||  |  ||| ||| ||       ||       ||  |                                                                           
CTGAGCATGCTAGTGGCAATGTGAAAGTTGGCATTGACCTGGAGGAAGGTGCCTGCAAGGACATCACGACCTTGAAAATATGGGACCTTTATGTCACAAAgtaagtca-atacgatcagcaggtgggaaatgaatcatatgtaaa---gctggtttaagaacat----ttttcgatcttttgtggtaattggacatgtcaccattgga---------------------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88442069|gb|CI560310.1|CI560310
EST:     CAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: CAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|88466692|gb|CI542269.1|CI542269
EST:     CTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: CTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|58605902|gb|CK033935.1|CK033935
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTTAAATACTCCGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|7332371|gb|AU085717.1|AU085717
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGG-ACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|89185790|gb|CI047659.1|CI047659
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|88409323|gb|CI559421.1|CI559421
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|88270335|gb|CI385593.1|CI385593
EST:     GCTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|88902882|gb|CI088420.1|CI088420
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|58669197|gb|CK057883.1|CK057883
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCCGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|29667203|gb|CB663478.1|CB663478
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|29676290|gb|CB672565.1|CB672565
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|89192845|gb|CI050143.1|CI050143
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|89193289|gb|CI050587.1|CI050587
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|58687966|gb|CK076653.1|CK076653
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCCGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|88431251|gb|CI557231.1|CI557231
EST:     TTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: TTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGG-
EST: gi|88452732|gb|CI560782.1|CI560782
EST:     ATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: ATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|86849375|gb|CI297824.1|CI297824
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|94362404|gb|CI052399.1|CI052399
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|86431027|gb|CI083450.1|CI083450
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|89181042|gb|CI045125.1|CI045125
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|86601030|gb|CI356787.1|CI356787
EST:     AAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: AAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|88907562|gb|CI090356.1|CI090356
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|58611454|gb|CK039166.1|CK039166
EST:     TATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCCGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: TATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|88986543|gb|CI033686.1|CI033686
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCCATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACCAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|89175803|gb|CI042824.1|CI042824
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|89183625|gb|CI046190.1|CI046190
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|88221299|gb|CI221255.1|CI221255
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|88452702|gb|CI560752.1|CI560752
EST:     ATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: ATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|58611185|gb|CK038897.1|CK038897
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCCGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|86427151|gb|CI072248.1|CI072248
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAACATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|88269749|gb|CI381047.1|CI381047
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|86836241|gb|CI346228.1|CI346228
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|29616022|gb|CB621034.1|CB621034
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCCGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|58689152|gb|CK077839.1|CK077839
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCCGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|58679992|gb|CK068679.1|CK068679
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCCGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
EST: gi|89192930|gb|CI050228.1|CI050228
EST:     GGTTGCAAGGATGTCTCGATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAA                         GTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT
genomic: GGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 58 (downstream exon)
Score: 67

CTGAACATGCTGGTGGGAATACGAAAGTTGGTATTGACTTGGAAGAAGGTGGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcata ... ctctcatcagGTTATTCGCTCTAAAATACTCTGCGGATGCTGCATGTACTGTACTGCGGGTTGACCAG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTGAACATGCTGGTGGGAATACGAAAGTTGGTATTGACTTGGAAGAAGGTGGTTGCAAGGATGTCTCAATCATGAAAATATGGGACCTTTATGTTACAAAgtaagtcatatgccataaccttccagtatggcataataggtgcacgtactgtatgggaagcacgctgttttttacttttcgtgatacccatgtattcattttttttattatttgcatgtttactggcgagacttaagcaagttggccaacctcatatcatgtgtgttcttttctctcatcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG