1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
ATTCTTCGTAACACCTTCAGATTCGGTTGCCATTATTGCAGCCAATGCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAGgtacaatgtaatcctgcatattaagctgcagataacccctgcacttttctggtttacaattttttttaatgggggcttttaagttgcatactgcattcac...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g50480.1 |
intron # | 11 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAG GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTEST: gi|58695799|gb|CK084486.1|CK084486
genomic: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAGgtacaatgta ... aaaattgcagGAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCT
EST: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAG GAGCATGCCCACATCAGCTGCCEST: gi|55438389|gb|CV732490.1|CV732490
genomic: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAGgtacaatgta ... aaaattgcagGAGCATGCCCACATCAGCTGCC
EST: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAG GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTEST: gi|45244957|gb|AB118181.1|AB118181
genomic: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAGgtacaatgta ... aaaattgcagGAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCT
EST: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAG GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTEST: gi|58604743|gb|CK015271.1|CK015271
genomic: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAGgtacaatgta ... aaaattgcagGAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCT
EST: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAG GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTEST: gi|58663518|gb|CK052204.1|CK052204
genomic: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAGgtacaatgta ... aaaattgcagGAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCT
EST: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAG GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTEST: gi|58596192|gb|CK006720.1|CK006720
genomic: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAGgtacaatgta ... aaaattgcagGAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCT
EST: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAG GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTEST: gi|58596286|gb|CK006814.1|CK006814
genomic: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAGgtacaatgta ... aaaattgcagGAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCT
EST: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAG GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTEST: gi|218492308|gb|FG946716.1|FG946716
genomic: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAGgtacaatgta ... aaaattgcagGAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCT
EST: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAG GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTEST: gi|163918448|gb|EG711618.1|EG711618
genomic: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAGgtacaatgta ... aaaattgcagGAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCT
EST: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAG GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTEST: gi|33380770|gb|CF196113.1|CF196113
genomic: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAGgtacaatgta ... aaaattgcagGAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCT
EST: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAG GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTEST: gi|58670270|gb|CK058956.1|CK058956
genomic: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAGgtacaatgta ... aaaattgcagGAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCT
EST: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAG GAGCATGCCCACAATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCEST: gi|2428319|gb|C72782.1|C72782
genomic: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAGgtacaatgta ... aaaattgcagGAGCATGCCCACA-TCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATC
EST: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAG GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTEST: gi|58671485|gb|CK060171.1|CK060171
genomic: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAGgtacaatgta ... aaaattgcagGAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCT
EST: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAG GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTEST: gi|29689390|gb|CB685665.1|CB685665
genomic: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAGgtacaatgta ... aaaattgcagGAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCT
EST: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAG GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTEST: gi|58604363|gb|CK014891.1|CK014891
genomic: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAGgtacaatgta ... aaaattgcagGAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCT
EST: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAG GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCTEST: gi|58601534|gb|CK012062.1|CK012062
genomic: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAGgtacaatgta ... aaaattgcagGAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCT
EST: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAG GAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCT
genomic: GCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAGgtacaatgta ... aaaattgcagGAGCATGCCCACATCAGCTGCCCTTGATGTTGTCGCTAAGAATTTGAATCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATTCTTCGTAACACCTTCAGATTCGGTTGCCATTATTGCAGCCAATGCTGTTCAGTCGATTCCTTACTTTTCTTCTGGCCTTAAGGGAGTTGCCAGgtacaatgtaatcctgcatattaagctgcagataacccctgcacttttctggtttacaattttttttaatgggggcttttaagttgcatactgcattcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cccctgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gggggct