Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCATCTGAGTGGCTTTTCATAGTTCCTTGGGGCCTCCGGAAATTACTTAATTATGCAGCAAAGAGATATGGAAATCCTGTGATATATGTAACTGAGAATGgtaaggtttccatacctcctaaaatgaatgtgatgcaacatagaattttctaacatatatatctttatgcccctttgttctacataattaacttgtatgt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g67220.3
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g67220.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G044092_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
GCATCTGAGTGGCTTTTCATAGTTCCTTGGGGCCTCCGGAAATTACTTAATTATGCAGCAAAGAGATATGGAAATCCTGTGATATATGTAACTGAGAATGgtaaggtttccatacctcctaaaatgaatgtgatgcaacatagaattttctaacatatatatctttatgcccctt----tgttctacataattaacttgtatgt
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  || | ||||||||||  ||| ||||  ||    ||||| |  || ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||   | ||||  |||| | | || | |||| |    || | | ||     |     |  | | ||| | || ||| ||   
GCATCTGAATGGCTTTTCATAGTTCCTTGGGGCCTTCATAAGTCACTTAATTATATAGCGAAGAAGTACAATAATCCAGCAATTTATGTTACTGAGAATGgtaaggcttccatacctcccaaaaccgaagtgaaacaacgtcggatat-ctaatactggtaacataatattgttagagattgtatccatgaatatctttta---

upper sequence: LOC_Os01g67220.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
lower sequence: AC155376.2_FGT005 (Zea mays), 5'ss of exon 11
GCATCTGAGTGGCTTTTCATAGTTCCTTGGGGCCTCCGGAAATTACTTAATTATGCAGCAAAGAGATATGGAAATCCTGTGATATATGTAACTGAGAATGgtaaggtttccatacctcctaaaatgaatgtgatgcaacatagaattttctaacatatatatctttatgcccctttgttctacataattaacttgtatgt-
|||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |  ||||| ||||| |||  ||  |||| |||    || || || || ||||| |||||||||||||||| ||||| || ||| ||||  || | ||  ||||   | || | || | |     || ||  ||      || |  |||  |  |  |   | |  
GCATCTGAATGGCTTGTCATAGTTCCTTGGGGCCTTCACAAATTGCTTAACTATATAGTGAAGAAATACAACAACCCAGTAATTTATGTTACTGAGAATGgtaaggcttccacacttcccaaaaccaaagcgaaacaacgcgggatgt-ctcatactctcatattggtggtggcatggtgcacagtaaaatatgacaagaa
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88844089|gb|CI001146.1|CI001146
EST:     TTATGCAGCAAAGAGATATGGAAATCCTGTGATATATGTAACTGAGAATG                         GCATGGATGAGGAAGATGATCAATCGCCAACGCTTGACCAAGTCTTGAATG
genomic: TTATGCAGCAAAGAGATATGGAAATCCTGTGATATATGTAACTGAGAATGgtaaggtttc ... tctcatgtagGCATGGATGAGGAAGATGATCAATCGGCAACGCTTGACCAAGTCTTGAATG
EST: gi|3761659|gb|C98907.1|C98907
EST:     GGAAATCCTGTGATATATGTAACTGAGAATG                         GCATGGATGAGGAAGATGATCAATCGGCAACGCTTGACCAAGTCTTGAATG
genomic: GGAAATCCTGTGATATATGTAACTGAGAATGgtaaggtttc ... tctcatgtagGCATGGATGAGGAAGATGATCAATCGGCAACGCTTGACCAAGTCTTGAATG
EST: gi|58672934|gb|CK061620.1|CK061620
EST:     TGGAAATCCTGTGATATATGTAACTGAGAATG                         GCATGGATGAGGAAGATGATCAATCGGCAACGCTTGACCAAGTCTTGAATG
genomic: TGGAAATCCTGTGATATATGTAACTGAGAATGgtaaggtttc ... tctcatgtagGCATGGATGAGGAAGATGATCAATCGGCAACGCTTGACCAAGTCTTGAATG
EST: gi|29625132|gb|CB630143.1|CB630143
EST:     TTATGCAGCAAAGAGATATGGAAATCCTGTGATATATGTAACTGAGAATG                         GCATGGATGAGGAAGATGATCAATCGGCAACGCTTGACCAAGTCTTGAATG
genomic: TTATGCAGCAAAGAGATATGGAAATCCTGTGATATATGTAACTGAGAATGgtaaggtttc ... tctcatgtagGCATGGATGAGGAAGATGATCAATCGGCAACGCTTGACCAAGTCTTGAATG
EST: gi|25806962|gb|CA762923.1|CA762923
EST:     TTATGCAGCAAAGAGATATGGAAATCCTGTGATATATGTAACTGAGAATG                         GCATGGATGAGGAAGATGATCAATCGGCAACGCTTGACCAAGTCTTGAATG
genomic: TTATGCAGCAAAGAGATATGGAAATCCTGTGATATATGTAACTGAGAATGgtaaggtttc ... tctcatgtagGCATGGATGAGGAAGATGATCAATCGGCAACGCTTGACCAAGTCTTGAATG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCATCTGAGTGGCTTTTCATAGTTCCTTGGGGCCTCCGGAAATTACTTAATTATGCAGCAAAGAGATATGGAAATCCTGTGATATATGTAACTGAGAATGgtaaggtttccatacctcctaaaatgaatgtgatgcaacatagaattttctaacatatatatctttatgcccctttgttctacataattaacttgtatgt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA