1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
GCAGTCCATTAGGGTCACTATCGTCTTCAAGCTTCTCATGGATTTTTGACCTAAATGGCATATCTGACATGTACAAGTCCTATGAAGAGACTAACTTATGgtaaatccttcatgattcctttttgtaatcatctagacctgcaacatgtattgtctattaagctataaactatttggatgtgccgttcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g66240.1 |
intron # | 11 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATGAAGAGACTAACTTATG GGGGATTGTAGAGAATGTACCAAGGGGTGTTCATATTAATTTCCTTAAAGCEST: gi|88849992|gb|CI091287.1|CI091287
genomic: ATGAAGAGACTAACTTATGgtaaatcctt ... tgccgttcagGGGGATTGTAGAGAATGTACCAAGGGGTGTTCATATTAATTTCCTTAAAGC
EST: CATGTACAAGTCCTATGAAGAGACTAACTTATG GGGGATTGTAGAGAATGTACCAAGGGGTGTTCATATTAATTTCCTTAAAGCEST: gi|29678812|gb|CB675087.1|CB675087
genomic: CATGTACAAGTCCTATGAAGAGACTAACTTATGgtaaatcctt ... tgccgttcagGGGGATTGTAGAGAATGTACCAAGGGGTGTTCATATTAATTTCCTTAAAGC
EST: CTAAATGGCATATCTGACATGTACAAGTCCTATGAAGAGACTAACTTATG GGGGATTGTAGAGAATGTACCAAGGGGTGTTCATATTAATTTCCTTAAAGCEST: gi|3767332|gb|AU031442.1|AU031442
genomic: CTAAATGGCATATCTGACATGTACAAGTCCTATGAAGAGACTAACTTATGgtaaatcctt ... tgccgttcagGGGGATTGTAGAGAATGTACCAAGGGGTGTTCATATTAATTTCCTTAAAGC
EST: ACATGTACAAGTCCTATGAAGAGACTCACTTATG GGGGATTNTAGAGAATGTACCAAGGGGTGTTCATATTAATTTCCTTAAAGCEST: gi|8858056|gb|AU095374.1|AU095374
genomic: ACATGTACAAGTCCTATGAAGAGACTAACTTATGgtaaatcctt ... tgccgttcagGGGGATTGTAGAGAATGTACCAAGGGGTGTTCATATTAATTTCCTTAAAGC
EST: CTAAATGGCATATCTGACATGTACAAGTCCTATGAAGAGACTAACTTATG GGGGATTGTAGAGAATGTACCAAGGGGTGTTCATATTAATTTCCTTAAAGCEST: gi|88980867|gb|CI022557.1|CI022557
genomic: CTAAATGGCATATCTGACATGTACAAGTCCTATGAAGAGACTAACTTATGgtaaatcctt ... tgccgttcagGGGGATTGTAGAGAATGTACCAAGGGGTGTTCATATTAATTTCCTTAAAGC
EST: CTAAATGGCATATCTGACATGTACAAGTCCTATGAAGAGACTAACTTATG GGGGATTGTAGAGAATGTACCAAGGGGTGTTCATATTAATTTCCTTAAAGC
genomic: CTAAATGGCATATCTGACATGTACAAGTCCTATGAAGAGACTAACTTATGgtaaatcctt ... tgccgttcagGGGGATTGTAGAGAATGTACCAAGGGGTGTTCATATTAATTTCCTTAAAGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCAGTCCATTAGGGTCACTATCGTCTTCAAGCTTCTCATGGATTTTTGACCTAAATGGCATATCTGACATGTACAAGTCCTATGAAGAGACTAACTTATGgtaaatccttcatgattcctttttgtaatcatctagacctgcaacatgtattgtctattaagctataaactatttggatgtgccgttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA