Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTCAGCGCTTGAAGAAGTACCCTGGCAACTATCTACAAGCACTAATGGCTATACCTAGAACACTGAGACTGATgtatgttatgttcaatatctgaaattttgtctagagattccaacacctgaaattaatgtaattttccttatttacgacaaatttaggctatacaattctacatattaagttgttctgattattctattcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g56620.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g56620.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G459702_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 11
CTTCAGCGCTTGAAGAAGTACCCTGGCAACTATCTACAAGCACTAATGGCTATACCTAGAACACTGAGACTGATgtatgttatgtt-caatatctgaaattttgtctagagattccaacacctgaaattaatgtaattttccttatttacgacaaatttaggctatacaattctacatattaagttgttctgattattctattcag
|||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||    | || ||||| || |||  | |  |   | |||    |  || |    | | |  |    | | |             |  || |||   |                              
CTTCAGAGATTGAAGAACTACCCTGGCAACTATCTACAAGCACTAATGGCTATACCTAAAGCACTGAGGCTGATgtatgttgcaatacattatctaaattttcatttgta---ttcaatgttttcaagtcggatgactcgctggttgttctggttgaccgacttggacgattaatcg-----------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58670071|gb|CK058757.1|CK058757
EST:     GGCAACTATCTACAAGCACTAATGGCTATACCTAGAACACTGAGACTGAT                         GTATGTGCATAGTTACCAGAGTTACCTATGGAACCATG
genomic: GGCAACTATCTACAAGCACTAATGGCTATACCTAGAACACTGAGACTGATgtatgttatg ... ttctattcagGTATGTGCATAGTTACCAGAGTTACTTATGGAACCATG