Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCTATGCCACAGCTGCAGCAGAATGGTGGTTCCGCAAAACCATTGGTAATGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTGgtatggacatattttctttggaacaactccattcttgaccattcgagtacaatttagattcagaaaacctccttgaacattgacctatcatctttcgtcc...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g42260.2
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g42260.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G022383_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
GTCTATGCCACAGCTGCAGCAGAATGGTGGTTCCGCAAAACCATTGGTAATGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTGgtatggacatattttc------tttggaacaactccattcttgaccattcgagtacaatttagattcagaaaacctccttgaacattgacctatcatctttcgtcc
|||| |||||||||||||||||||||| ||||| || |||||  ||||||||||||||||||||||  |||| || ||||| |||||||||||  || ||||| | ||| |  ||       ||||  | |  |   || |||   | || | |    ||  |||   || | | |    |||||    ||| |    ||||    
GTCTGTGCCACAGCTGCAGCAGAATGGCGGTTCAGCTAAACCCATGGTAATGTTTGGCTCTGATGGAACTGGGAGCTTGACATCTCCAGCAAACCCATTGgtaagcacacacatttgtgtattttgagatacatatctttttgtttagtcaaatttgcttatgat---gatatcataacagaacagaaccctttttcttttcag--

upper sequence: LOC_Os01g42260.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G425377_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
GTCTATGCCACAGCTGCAGCAGAATGGTGGTTCCGCAAAACCATTGGTAATGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTGgtatggacatattttctt------tggaaca-actccattcttg---accattcgagtacaatttagattcagaaaacctccttgaacattgacctatcatctttcgtcc
|||| |||||||||||||||||||||| ||||| || |||||  ||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||| |||||||||||  || ||||||| |||||| ||  |      ||  | | |   | || |||   |  | |  |||  ||| || ||   ||     || |  ||||   |||| |  |||||     
GTCTGTGCCACAGCTGCAGCAGAATGGCGGTTCAGCTAAACCCATGGTAATGTTTGGCTCTGACGGAACTGGGAGCTTGACATCTCCAGCAAACCCATTGgtatgcacatatatttgtgtattatgagatacatctcttttttgtttagtactttagtcaaatcta-atcatgatggtatcat--aacagaaaccttttttcttttcag-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58608601|gb|CK036634.1|CK036634
EST:     TGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTG                         GCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCCATTGGACGAAAATGTTGA
genomic: TGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTGgtatggacat ... tcaatttcagGCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTC-ATTGGATGAAAATGTTGA
EST: gi|58671957|gb|CK060643.1|CK060643
EST:     TGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTG                         GCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCATTGGATGAAAATGTTGAA
genomic: TGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTGgtatggacat ... tcaatttcagGCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCATTGGATGAAAATGTTGAA
EST: gi|38475048|gb|CF959181.1|CF959181
EST:     TGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTG                         GCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCATTGGATGAAAATGTTGAA
genomic: TGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTGgtatggacat ... tcaatttcagGCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCATTGGATGAAAATGTTGAA
EST: gi|58655398|gb|CK044078.1|CK044078
EST:     TGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTG                         GCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCATTGGATGAAAATGTTGAA
genomic: TGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTGgtatggacat ... tcaatttcagGCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCATTGGATGAAAATGTTGAA
EST: gi|33794564|gb|CF323169.1|CF323169
EST:     TGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTG                         GCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCATTGGATGAAAATGTTGAA
genomic: TGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTGgtatggacat ... tcaatttcagGCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCATTGGATGAAAATGTTGAA
EST: gi|33794705|gb|CF323235.1|CF323235
EST:     TGTTTGGCTCTGATGGTGCTAGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTG                         GCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCATTGGATGAAAATGTTGAA
genomic: TGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTGgtatggacat ... tcaatttcagGCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCATTGGATGAAAATGTTGAA
EST: gi|66923385|gb|CX110233.1|CX110233
EST:     TTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTG                         GCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCATTGGACGAAAATGTTGAA
genomic: TTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTGgtatggacat ... tcaatttcagGCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCATTGGATGAAAATGTTGAA
EST: gi|32948512|gb|BP185084.1|BP185084
EST:     TGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTG                         GCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCATTGGATGAAAATGTTGAA
genomic: TGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTGgtatggacat ... tcaatttcagGCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCATTGGATGAAAATGTTGAA
EST: gi|58598175|gb|CK008703.1|CK008703
EST:     TGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTG                         GCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCATTGGATGAAAATGTTGAA
genomic: TGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTGgtatggacat ... tcaatttcagGCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCATTGGATGAAAATGTTGAA
EST: gi|33797972|gb|CF324846.1|CF324846
EST:     TGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTG                         GCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCATTGGATGAAAATGTTGAA
genomic: TGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTGgtatggacat ... tcaatttcagGCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCATTGGATGAAAATGTTGAA
EST: gi|58591655|gb|CF989963.1|CF989963
EST:     TGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTG                         GCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCATTGGACGAAAATGTTGAA
genomic: TGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTGgtatggacat ... tcaatttcagGCTGACGTGGATCGTTTGCTAGAAGATGGTTCATTGGATGAAAATGTTGAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCTATGCCACAGCTGCAGCAGAATGGTGGTTCCGCAAAACCATTGGTAATGTTTGGCTCTGATGGTGCTGGAAGTTTGACGTCTCCAGCAAATGCACTGgtatggacatattttctttggaacaactccattcttgaccattcgagtacaatttagattcagaaaacctccttgaacattgacctatcatctttcgtcc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG