Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTATGTCAAGTACGATGATGATGAACCATGGTATCAGATTTTGGTTATCCCCCTGCGGTTTGAACTGTTGTGCTCCATTATGATTCCCATTTCAATAAAGgtatgactctttgaagtatttaatcctagtttacttgcttgtgttttatgtggcgatgtttgtgtaatcataaaaaaaatttctcatgcttaatattcca...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g25980.2
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g25980.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G411916_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
GTATGTCAAGTACGATGATGATGAACCATGGTATCAGATTTTGGTTATCCCCCTGCGGTTTGAACTGTTGTGCTCCATTATGATTCCCATTTCAATAAAGgtatgactctttgaagtatttaatcctagtttacttgcttgtgttttatgtggcgatgttt-gtgtaatcataaaaaaaatttctcatgcttaatattcca-
|||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  ||| ||   | |||| | |       |||     | || |||    | || | |  ||| ||   | ||  | |||  |    |     |  || 
GTATGTTAAGTATGATGACAATGAACCATGGTATCAGATTCTGGTTATACCTCTGCGGTTTGAACTATTGTGCTCTATTATGATTCCCATTTCGATAAAGgtatg--tctatgggttttttagttcacacggtcttcagatttttatatacttccatttctcatgttatggcacaattatttttccgctatcttgttggcat

upper sequence: LOC_Os11g25980.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: EFJ28965 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 7
GTATGTCAAGTACGATGATGATGAACCATGGTATCAGATTTTGGTTATCCCCCTGCGGTTTGAACTGTTGTGCTCCATTATGATTCCCATTTCAATAAAGgtatgactctttgaagtatttaatcctagtttacttgcttgtgttttatgtggcgatgtttgtgtaatcataaaaaaaatttctcatgcttaatattcca
||| ||| | ||     | | ||  || |||||  || || | || || |||||  |||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  | || |  ||||  |||    ||| |  | ||| ||| |  |||                                                 
GTACGTCCATTATCCGAAAGCTGCCCCTTGGTACGAGTTTATTGTCATTCCCCTAAGGTTTGAACTTTTATGCTCGATTATGATACCCATTTCAATTAAGgtatg--ttttcgctgtat--aat----gttgatatccttatgtatcgtgtcag----------------------------------------------

upper sequence: LOC_Os11g25980.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: EFJ13671 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 7
GTATGTCAAGTACGATGATGATGAACCATGGTATCAGATTTTGGTTATCCCCCTGCGGTTTGAACTGTTGTGCTCCATTATGATTCCCATTTCAATAAAGgtatgactctttgaagtatttaatcctagtttacttgcttgtgttttatgtggcgatgtttgtgtaatcataaaaaaaatttctcatgcttaatattcca
||| ||| | ||     | | ||  || |||||  || || | || || |||||  ||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  | || |  ||||  |||    ||| |  | ||| ||| |  |||                                                 
GTACGTCCATTATCCGAAAGCTGCCCCTTGGTACGAGTTTATTGTCATTCCCCTAAGGTTTGAGCTTTTATGCTCGATTATGATACCCATTTCAATTAAGgtatg--ttttcgctgtat--aat----gttgatatccttatgtatcgtgtcag----------------------------------------------