Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGTGGTTCTTGAAAACCTGGATATAATGAGAGTCATATTTGGAATTTTCCCAACCTATCGGAATAGgtaacagaaatttatatttatcattcccctcatggttattagatgataataaaatacaaatgaacccaactataaatgaatgatctgctgcaactaccat...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g32630.2
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g32630.5 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM5G851815_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 8
GATGTGGTTCTTGAAAACCTGGATATAATGAGAGTCATATTTGGAATTTTCCCAACCTATCGGAATAGgtaacagaaatttatatttatcat-tcccctcatggttattagatgataataaaatacaaatgaacccaactataaatgaatgatctgctgcaactaccat---
|||||| ||||| ||||  |||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||         || ||   || | |   ||||||   ||        |||    | ||         | ||| |  |||   || |  | |||  |  |    
GATGTGCTTCTTCAAAATTTGGATATAAGAAGAGTTATATTTGGAATTTTCCCAACTTATCGGGATAGgtat----ggcctacatccttcctcttttctcatgccaatccatgttaaattttttgcatcatgcttgacctaaatgtgagaaatattatacaaagaaaacagt