Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAGgtaaatgtgatatcgtattataataatgaacatgatctgttcacttgccctattcttatgtttaatttctgttggaag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g04450.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g04450.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM5G830776_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 10
ATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAGgtaaatgtgatatcgtattat-aataatgaacatgatctgttcacttgccctat-tcttatgtttaatttctgttggaag
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||| | | ||  |||   ||| || | ||  | ||| | |||   ||| ||| | ||| |||
ATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAGgtaattgtcatatcatattattagtgatatacaaattctctttaattttcttatatattagtgttattttatattgcaag

upper sequence: LOC_Os06g04450.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA01G34340.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
ATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAGgtaaatgtgatatcgtattataataatgaacatgatctgttc-acttgccctattcttatgtttaatttctgttggaag---------------------
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  |  | ||||||||  | ||||| ||  ||||||||    |  |      ||    |      ||| || | | |   | | || |    || |  || |     ||  ||                      
ATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGAATATGGATGGAGATAAATATATGCATGAGgtatgacttttgcttgtttgcccttcccttcatcatgtatgctggtcggcccaaggataagactactaaagcttcaaacaaaaaattatttactaacaat

upper sequence: LOC_Os06g04450.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA03G02740.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
ATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAGgtaaatgtgatatcgtattataataatgaacatgatctgttcac-ttgccctattcttatgttt----aatttctgttggaag-----------------
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  |    ||||||||  | ||||| ||  ||||||||    |  |      ||    |      ||| || | | ||  | | || |   | | | |     || ||||     ||                  
ATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGACTATGGATGGAGATAAATATATGCATGAGgtatgacttttgcttgtttgcccttcccttcatcatgtatacaagtcggccaagaataaggctactaaaacttctaacaaaaagttatttactaagtttt

upper sequence: LOC_Os06g04450.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: AT1G02010.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
ATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAGgtaaatgtgatatcgtattataataatgaacatgatctgttcactt----gccctattctta--tgtttaatttctgttggaag------------------------------------------------------------------------------
|| || ||| | || || ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| ||||| ||  | ||| |  |   |||||||| | |  | |  | |  ||    | ||| |  |    |  ||     ||||   ||     ||  |||  || | | ||                                                                                
ATCGCTCCTATCATACACGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGCTTGACATGGAGGGGAATAAACATGTCATTGAGgtaattctatttttctttcttatccttcaacttttttccgtttctgaaaggccccgatccggactgcctaaagtccggtcgagagaagtcctagccaacgatcctattgaggatcgcgggcgttacagtttctctcttcctaatctctctaccatatgctag

upper sequence: LOC_Os06g04450.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv15s0048g00970.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
ATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAGgtaaatgtgatatcgtattataataatgaacatgatctgttcacttgccctattcttatgtttaatttctgttggaag-------------------
||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||  | |||||  || | |||||| || |    |  | ||||  |  |   |||| | | |  |  |    |||   | ||   || || || |||| |                   
ATAGCTCCTGTCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTGGAGATGGATGGAAATAAATATGTACACGAGgtacatct----ttttgttatttttgttttcatggttt-tgtatgttaaatatcact-tgaagaacttttgctggaggatactcaaacatatattag

upper sequence: LOC_Os06g04450.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv15s0045g00060.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
ATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAGgtaaatgtgatatcgtattataataatgaacatgatctgttcacttgccctattcttatgtttaatttctgttggaag-------------------
||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||  | |||||  || | |||||| || |    |  | ||||  |  |   |||| | | |  |  |    |||   | ||   || || ||||||| |                   
ATAGCTCCTGTCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTGGATATGGATGGAAATAAATATGTACACGAGgtacatct----ttttgttatttttgttttcatggttt-tgtatgttaaatatcact-tgaagaacttttgttggaggatactcaaacatatattag

upper sequence: LOC_Os06g04450.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: PP1S468_8V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 10
ATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAGgta--aatgtgatatcgtattataataatgaacatgatct------gttcacttgccctattc--ttatgtt--taatttctgttggaag----------
 |  | || ||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||  |  |  | || ||| | || ||    || ||||||   |    ||||  | ||    |||||  | | || |      | | |   | | |  |    ||||    ||| || |  |||||           
GTGACTCCGGTTATACATGAGTGGTCGTATGATGCAATGTGCCATGATCTTTTGAATTTAGAAGGCAACAAGTATTCTTACGAGgtatggaaaacatattttcttcagttaatgggcctcattttgcatagattatgcggcatcgttgactatggcagtaaattgttctggaaccaggtttagg