1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
AAGATGATGCCATGCCCTCAGGTGACAACGCTCAAAACGGCTTCAACTTTGGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatctttagcagttaaactaagtaggattgtggttgatcatggggatggtgttttctgatcgatataaatattgtttatgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g06350.1 |
intron # | 10 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATNATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTEST: gi|87018145|gb|CI275959.1|CI275959
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTEST: gi|33796269|gb|CF324001.1|CF324001
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTEST: gi|89193057|gb|CI050355.1|CI050355
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTEST: gi|88236845|gb|CI234696.1|CI234696
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTEST: gi|325493700|gb|JG458224.1|JG458224
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGATACTTGCTTGGGGCTEST: gi|33680343|gb|CF308582.1|CF308582
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTEST: gi|218488978|gb|FG955955.1|FG955955
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTEST: gi|88235977|gb|CI235179.1|CI235179
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACCGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTEST: gi|396941482|gb|HO188691.1|HO188691
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTEST: gi|88197742|gb|CI197592.1|CI197592
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTEST: gi|86413268|gb|CI067673.1|CI067673
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GGGAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTGAGCTACTTGCTTGGGGCTEST: gi|27547087|gb|CA765261.2|CA765261
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTEST: gi|88901705|gb|CI001813.1|CI001813
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTEST: gi|29683740|gb|CB680015.1|CB680015
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTEST: gi|88225315|gb|CI225231.1|CI225231
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: CAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTCAGCTACTTGCTTGGGGCTEST: gi|86823718|gb|CI258766.1|CI258766
genomic: CAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTEST: gi|89162340|gb|CI104668.1|CI104668
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTNGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTGGGGGCTEST: gi|15851565|gb|BI799841.1|BI799841
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GG-AACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTEST: gi|86480506|gb|CI123139.1|CI123139
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GGAAACCAGCAGCCCGATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTEST: gi|87004392|gb|CI298924.1|CI298924
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTEST: gi|58694597|gb|CK083284.1|CK083284
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTEST: gi|86490192|gb|CI132825.1|CI132825
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAGATGATGCCATGCCCTCAGGTGACAACGCTCAAAACGGCTTCAACTTTGGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatctttagcagttaaactaagtaggattgtggttgatcatggggatggtgttttctgatcgatataaatattgtttatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG