Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAAAGTGACCCATTCTCCAGGATGCTAGTGTTTGAATACGCATCAAACGGGACCCTGTTTGAGCACCTACACTgtaagccagcctctttattttctgacgattatgtgatgcttagttattgcatattgcatgtgttatgtgcagcaggtttgcttatttgatttttatggggttccttcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g58700.2
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g58700.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA05G37960.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
-----------------------AGAAAGTGACCCATTCTCCAGGATGCTAGTGTTTGAATACGCATCAAACGGGACCCTGTTTGAGCACCTACACTgtaagccagcctctttattttctgacgattatgtgatgcttagttattgcatattgcatgtgttatgtgcagcaggtttgcttatttgatttttatggggttccttcag
                       ||| ||  | |||||  | |||||||| || |||||||| |||||||| ||||| || | |||||||||||| |||  |  |||| |  | | ||    || |||  ||    ||  ||  ||  |||               ||| |  ||   | ||||     ||||||     || |||
GGAAAGCTGCTAGGATATTGTAGAGAGAGCAATCCATTTACAAGGATGCTGGTTTTTGAATATGCATCAAATGGGACACTTTATGAGCACCTACATTGTT-