1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
TATAATGTGGTTACTGCATCTATGTGATGCACATCAGGAGATGCAATCATGGGCTGAAGCTGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGTGTTATCATGCAGgttttaattttttttctcgagtttgtcttttgttgcaagaatcttgtaattcctttatggagtttttttatctttaaaattttcttatag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g21080.1 |
intron # | 10 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGGCTGAAGCTGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGTGTTATCATGCAG GCACTTGTTGGAAGGAATGATGCGGTGTGGAGCAAGGAGCATGTTGCTTCCEST: gi|58653963|gb|CK042643.1|CK042643
genomic: GGGCTGAAGCTGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGTGTTATCATGCAGgttttaattt ... tttcttatagGCACTTGTTGGAAGGAATGATGCGGTGTGGAGTAAGGAGCATGTTGCTTCC
EST: GGGCTGAAGCTGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGTGTTATCATGCAG GCACTTGTTGGAAGGAATGATGCGGTGTGGAGCAAGGAGCATGTTGCTTCCEST: gi|58607935|gb|CK035968.1|CK035968
genomic: GGGCTGAAGCTGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGTGTTATCATGCAGgttttaattt ... tttcttatagGCACTTGTTGGAAGGAATGATGCGGTGTGGAGTAAGGAGCATGTTGCTTCC
EST: GGGCTGAAGCTGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGTGTTATCATGCAG GCACTTGTTGGAAGGAATGATGCGGTGTGGAGCAAGGAGCATGTTGCTTCCEST: gi|58659825|gb|CK048505.1|CK048505
genomic: GGGCTGAAGCTGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGTGTTATCATGCAGgttttaattt ... tttcttatagGCACTTGTTGGAAGGAATGATGCGGTGTGGAGTAAGGAGCATGTTGCTTCC
EST: GGGCTGAAGCTGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGTGTTATCATGCAG GCACTTGTTGGAAGGAATGATGCGGTGTGGAGCAAGGAGCATGTTGCTTCCEST: gi|58668402|gb|CK057088.1|CK057088
genomic: GGGCTGAAGCTGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGTGTTATCATGCAGgttttaattt ... tttcttatagGCACTTGTTGGAAGGAATGATGCGGTGTGGAGTAAGGAGCATGTTGCTTCC
EST: GGGCTGAAGCTGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGTGTTATCATGCAG GCACTTGTTGGAAGGAATGATGCGGTGTGGAGCAAGGAGCATGTTGCTTCCEST: gi|58653644|gb|CK042324.1|CK042324
genomic: GGGCTGAAGCTGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGTGTTATCATGCAGgttttaattt ... tttcttatagGCACTTGTTGGAAGGAATGATGCGGTGTGGAGTAAGGAGCATGTTGCTTCC
EST: GGGCTGAAGCTGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGTGTTATCATGCAG GCACTTGTTGGAAGGAATGATGCGGTGTGGAGCAAGGAGCATGTTGEST: gi|58661399|gb|CK050079.1|CK050079
genomic: GGGCTGAAGCTGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGTGTTATCATGCAGgttttaattt ... tttcttatagGCACTTGTTGGAAGGAATGATGCGGTGTGGAGTAAGGAGCATGTTG
EST: GGGCTGAAGCTGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGTGTTATCATGCAG GCACTTGTTGGA
genomic: GGGCTGAAGCTGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGTGTTATCATGCAGgttttaattt ... tttcttatagGCACTTGTTGGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TATAATGTGGTTACTGCATCTATGTGATGCACATCAGGAGATGCAATCATGGGCTGAAGCTGCACAATGTGCAGTTGCTGTAGCTGGTGTTATCATGCAGgttttaattttttttctcgagtttgtcttttgttgcaagaatcttgtaattcctttatggagtttttttatctttaaaattttcttatag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC