Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCAATGCCCGTTTGGCGGCTGCAGAAGAAGCTATCGCATTATCGATATGGACTACAGCTACAATTTGTCGTGCTTTGTCTCTCGAAAGTgtatgttgtactttctgctctaagtttttacctatgtggctccatttttttgtgctgtattcccccatttttaaactagccatcttgtaacagggtaagc...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g05200.2
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g05200.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G107651_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
GTCAATGCCCGTTTGGCGGCTGCAGAAGAAGCTATCGCATTATCGATATGGACTACAGCTACAATTTGTCGTGCTTTGTCTCTCGAAAGTgtatgttgtactttctgctctaagtttttacctatgtggctccatttttttgtgctgtattcccccatttttaaactagccatcttgtaacagggtaagc----
 |||||   | ||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||  |||||| |||||||| || ||||| | ||||||||||||||| ||     |||  ||||||    | | |     || |        |  || | |    | ||  ||      || ||  || |    ||      
ATCAATTTACATTTGGTGGCTGCAGAAGAAGCTCTTGCATTGTCGATATGGACTATGGCTACAGTTTGTCGTTCTCTGTCTTTGGAAAGTgtatgttgtgct----actcccagttttgcagtttataaaaacagtacgggagtccctactgctatgtattataaaatattatgttacaaaaactcaaagaaat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|66924087|gb|CX110935.1|CX110935
EST:     TATCGATATGGACTACAGCTACAATTTGTCGTGCTTTGTCTCTTGAAAGT                         GTGCTAGAGTTATTTGCTGCTGCTCTGTTG
genomic: TATCGATATGGACTACAGCTACAATTTGTCGTGCTTTGTCTCTCGAAAGTgtatgttgta ... ttcactgcagGTGCTAGAGTTATTTGCTGCTGCTCTGTTG