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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGCTGCCTCCAAATCAGCAGAAGTATGCGAACATAATCATGCTTAGATCCTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcattctttttttttcctgttggttaccagtcgttgacaaattgaatagcggcataacatctgttcttaagctttgacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g01100.2
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g01100.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G105192_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
TTGCTGCCTCCAAATCAGCAGAAGTATGCGAACATAATCATGCTTAGATCCTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat-----tctttttttttcctgttggttaccagtcgttgacaaattgaatagcggcataacatctgttcttaagctttgacag----------
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TTGCTTCCACCAAATCAACAGAAGTACTCAAACATAGTCATGCTTAGATCAGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcatgagcgtatttggtacactaataaggtgtttggt-ttgagaaataagttagtccattatcttctcactcacttttttgtttggttttgtaga

upper sequence: LOC_Os02g01100.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G134888_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 9
TTGCTGCCTCCAAATCAGCAGAAGTATGCGAACATAATCATGCTTAGATCCTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcattctttttttttcctgttggttaccagtcgttgacaaattgaatagcggcataacatctgt-tcttaagctttgacag
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CTGCTGCCACCAAACCAACAAAAGTATTCTACAATAATCATGCTTAGATCATCTCTGGTGATATCAACCCTCCTGATTGCTCTATCTGTGCCTTTCTTTGgtaagtgcatagtatttaatcctcaaagatctccaaccg---gcataccatacta------atcatttgcatcttaacttttgatag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89168324|gb|CI109528.1|CI109528
EST:     CTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGCGTTGTTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|89167449|gb|CI038956.1|CI038956
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|88544177|gb|CI474251.1|CI474251
EST:     ACCCTCCTCATTGCTGTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGGCGTTGGTTGTTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: ACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTAT-GGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|29678444|gb|CB674719.1|CB674719
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|88543000|gb|CI472364.1|CI472364
EST:     CT-CCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|27548100|gb|CA766182.2|CA766182
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|86498766|gb|CI141399.1|CI141399
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|40494256|gb|BX901140.1|BX901140
EST:     CCCCTT-TTTGG                         GGCTAGTTAGGGCTTTGTTTGTTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CCCCTTCTTT-Ggtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|18386237|gb|BM419436.1|BM419436
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|29663318|gb|CB659593.1|CB659593
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|86429995|gb|CI082418.1|CI082418
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|29659581|gb|CB655856.1|CB655856
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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TTGCTGCCTCCAAATCAGCAGAAGTATGCGAACATAATCATGCTTAGATCCTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcattctttttttttcctgttggttaccagtcgttgacaaattgaatagcggcataacatctgttcttaagctttgacag

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