Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTTGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagtttttacggtttaccacagatgatatacgagagtttgtttttacggtttaattggtgaggctaaaacatgttttcggttgtag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g01100.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g01100.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G105192_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
-----------------------------------------------CTTTGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagtttttacggtttaccacagatgatatacgagagtttgtttttacggtttaattggtgaggctaaaacatgttttcggttgtag
                                                ||||||||| || || ||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||  | |  | || ||| ||   ||| |   |  | || ||        | |||  ||||||||||| |||| ||||  ||||||
TCTTCTAAGTCACCAATCAATCATGACACCAACCTGTTTTTTTTGAGTTTTGACAGGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTGgtaaggatctgtg-ttcacctcatcagatgt-taaatgcttatta-------tgaatccgtgaggctaaagcatgctttca-ttgtag

upper sequence: LOC_Os02g01100.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G105192_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 9
CTTTGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagtttttacggtttaccacagatgatatacgagagtttgtttttacggtttaattggtgaggctaaaacatgttttcggttgtag
         | || || ||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||  | |  | || ||| ||   ||| |   |  | || ||        | |||  ||||||||||| |||| ||||  ||||||
---------GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTGgtaaggatctgtg-ttcacctcatcagatgt-taaatgcttatta-------tgaatccgtgaggctaaagcatgctttca-ttgtag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88266546|gb|CI377448.1|CI377448
EST:     TGGCGTTGGTTGGGTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: TGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|86498766|gb|CI141399.1|CI141399
EST:     T----GGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: TGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|88991353|gb|CI034688.1|CI034688
EST:     ACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: ACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|88515198|gb|CI442852.1|CI442852
EST:     TCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: TCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|27548100|gb|CA766182.2|CA766182
EST:     T----GGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: TGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|40494256|gb|BX901140.1|BX901140
EST:     GGGCTAGTTAGGGCTTTGTTTGTTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGCCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: GGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|88544177|gb|CI474251.1|CI474251
EST:     GGGCTAGTTATGGGCGTTGGTTGTTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: GGGCTAGTTAT-GGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|29659581|gb|CB655856.1|CB655856
EST:     T----GGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: TGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|89167449|gb|CI038956.1|CI038956
EST:     T----GGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: TGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|89168324|gb|CI109528.1|CI109528
EST:     GGGCTAGTTATGGCGTTGTTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: GGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|29678444|gb|CB674719.1|CB674719
EST:     -G---G--CTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: TGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|88253485|gb|CI352111.1|CI352111
EST:     GGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: GGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|29663318|gb|CB659593.1|CB659593
EST:     T----GGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: TGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|88980182|gb|CI026471.1|CI026471
EST:     TGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: TGACAGGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
EST: gi|88840439|gb|CI079893.1|CI079893
EST:     GGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG                         ACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG
genomic: GGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTGgtaagttttt ... tcggttgtagACCTACATCCTTCCATGCGCCTGTTTCTTGGCCATCCTTAAGAGAAAAGTG