Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTGGCTATGGTGCATATAATGCATACATTTCAGCAGCTACCAGATATGCAGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAAgtaagtcttctgctacgaagatcacaggtttgacacaaagcaactttgttaactggttaaatgttttctatttgacttacattgactag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g71770.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g71770.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G030902_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 10
GGTGGCTATGGTGCATATAATGCATACATTTCAGCAGCTACCAGATATGCAGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAAgtaagtcttctg-ctacgaagatcacaggtttgacacaaagcaactttgttaactggttaaatgtttt-ctatttgacttacattgactag
|||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||    ||   |   |      | | | ||   | ||||||  ||   |  |   | |||  || |||| ||| |||     ||
GGTGGCTATGGTGCATATAACGCTTACATTTCAGCTGCTACCAGGTATGCAACTTTGGGTGCACCAACACTGTATGATCATCCTGGATCAGCCTATGGAAgtaagtctttgatctgttatagttttttttgtcagactt-gaaacttttctacaagacttggtatttcactgtttggctttcatcattcag

upper sequence: LOC_Os01g71770.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G060977_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 11
GGTGGCTATGGTGCATATAATGCATACATTTCAGCAGCTACCAGATATGCAGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAAgtaagtcttc----tgctacgaagatc----acaggt-ttgacacaaagcaactttgttaactggttaaatgtttt-ctatttgacttacattgactag
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    || ||   |  |     |||| | || ||||| |  ||||||  |    || | | | |||  || |||||||| |||  |  ||
GGTGGCTATGGTGCATATAACGCATACATTTCAGCTGCTACCAGGTATGCAACTCTGGGTGCACCAACGCTGTATGACCATCCTGGATCAGCTTATGGAAgtaagtcttcgatgtgttatagatttttttgacagatcttaacacacataaacttttcttctcggcttagtatttcactgtttgacttccatcaatcag

upper sequence: LOC_Os01g71770.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA11G05940.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
GGTGGCTATGGTGCATATAATGCATACATTTCAGCAGCTACCAGATATGCAGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAAgtaagtcttctgctacgaagatcacaggtttgacacaaagcaactttgttaactggttaaatgttttctatttgacttacattgactag
|| || ||||||||||| ||||| || || |||||||| || |||||||||||  | ||||| |||||| ||||||||||||| ||  ||  |||||||||||||  |   ||  |   | |||     || | |  |  ||  ||  || |     | | |  |  |||    | ||   |  | |||
GGAGGATATGGTGCATACAATGCTTATATCTCAGCAGCCACTAGATATGCAGCACTTGGTGCTCCTACTTTGTATGACCATCCTGGCCCAATTTATGGAAgtaagcatcaagcaccagtgttcaa----ttaaaatgactcatgttgcttcat--actgactagtgactaccctattt-tgtgaattag

upper sequence: LOC_Os01g71770.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA01G39330.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
GGTGGCTATGGTGCATATAATGCATACATTTCAGCAGCTACCAGATATGCAGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAAgtaagtcttctgctacgaagatca-caggtttgacacaaagca-actttgttaactggttaaatgttttctatttgacttacattgactag
|| || ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||||||  | ||||| |||||| |||||||||| || ||  ||  |||||||||||||  |   ||  |   | |||       ||||  |      |   | || ||| || |      |  | | ||| |||          
GGAGGATATGGCGCATACAATGCTTATATTTCAGCAGCCACTAGATATGCAGCACTTGGTGCTCCTACTTTGTATGACCAACCTGGCCCAATTTATGGAAgtaagcatcaagcaccagtgttcaattaaagtgacttatgttgcatcatattgactagtgactaccctattttgtgaattag---------

upper sequence: LOC_Os01g71770.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv07s0031g00600.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
GGTGGCTATGGTGCATATAATGCATACATTTCAGCAGCTACCAGATATGCAGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAAgtaag--tcttctgctacgaagatcacaggtttgacacaaagcaactttgttaactggttaaatgttttctatttgact-tacattgactag
||||| ||||||||||| ||||| || ||  | ||||| || |||||||| ||  | ||||| |||||  |||||||||||||||| |||| |||||||||||||  ||||||         |      ||||  |||     | |      || |  ||   ||||||  |||    |  |  |||  |||
GGTGGATATGGTGCATACAATGCTTATATCACTGCAGCAACTAGATATGCTGCACTAGGTGCTCCTACCTTGTATGACCATCCAGGCTCAGTTTATGGAAgtaagcatcttctcaagtatgcacgtggagttttgcactgtttatcaacac-aattatttctttgtttttaattctgttgcatgttggttag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|163926523|gb|EG712387.1|EG712387
EST:     AGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAA                         GAGGAGGATACTATGGATCCTCCCAAGGAATGGGCAACAAAAAGATATTTG
genomic: AGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAAgtaagtcttc ... cattgactagGAGGAGGATACTATGGATCCTCCCAAGGAATGGGCAACAAAAAGATATTTG
EST: gi|58598133|gb|CK008661.1|CK008661
EST:     AGCTTCGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAA                         GAGGAGGATACTATGGATCCTCCCAAGGAATGGGCAACAAAAAGATATTCG
genomic: AGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAAgtaagtcttc ... cattgactagGAGGAGGATACTATGGATCCTCCCAAGGAATGGGCAACAAAAAGATATTTG
EST: gi|32947891|gb|BP184463.1|BP184463
EST:     AGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAA                         GAGGAGGATACTATGGATCCTCCCAAGGAATGGGCAACAAAAAGATATTTG
genomic: AGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAAgtaagtcttc ... cattgactagGAGGAGGATACTATGGATCCTCCCAAGGAATGGGCAACAAAAAGATATTTG
EST: gi|58603513|gb|CK014041.1|CK014041
EST:     AGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAA                         GAGGAGGATACTATGGATCCTCCCAAGGAATGGGCAACAAAAAGATATTTG
genomic: AGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAAgtaagtcttc ... cattgactagGAGGAGGATACTATGGATCCTCCCAAGGAATGGGCAACAAAAAGATATTTG
EST: gi|58672481|gb|CK061167.1|CK061167
EST:     AGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGNGTCAGCTTATGGAA                         GAGGAGGATACTATGGATCCTCCCAAGGAATGGGCAACAAAAAGATATTTG
genomic: AGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAAgtaagtcttc ... cattgactagGAGGAGGATACTATGGATCCTCCCAAGGAATGGGCAACAAAAAGATATTTG
EST: gi|29677103|gb|CB673378.1|CB673378
EST:     TATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAA                         GAGGAGGATACTATGGATCTTCCCAAGGAATGGGCAACAAAAAGATATTTG
genomic: TATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAAgtaagtcttc ... cattgactagGAGGAGGATACTATGGATCCTCCCAAGGAATGGGCAACAAAAAGATATTTG
EST: gi|116875665|gb|EC366173.1|EC366173
EST:     AGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAA                         GAGGAGGATACTATGGATCCTCCCAAGGAATGGGCAACAAAAAGATATTTG
genomic: AGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAAgtaagtcttc ... cattgactagGAGGAGGATACTATGGATCCTCCCAAGGAATGGGCAACAAAAAGATATTTG
EST: gi|116875549|gb|EC366057.1|EC366057
EST:     AGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAA                         GAGGAGGATACTATGGATCCTCCCAAGGAATGGGCAACAAAAAGATATTTG
genomic: AGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAAgtaagtcttc ... cattgactagGAGGAGGATACTATGGATCCTCCCAAGGAATGGGCAACAAAAAGATATTTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 66 (upstream exon), 66 (downstream exon)
Score: 31

GGTGGCTATGGTGCATATAATGCATACATTTCAGCAGCTACCAGATATGCAGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAAgtaagtcttc ... cattgactagGAGGAGGATACTATGGATCCTCCCAAGGAATGGGCAACAAAAAGATATTTGTTGGCAGGCTTCCACAAGAGGCAAACACGGAGGACCTAAGGCATTACTT




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGTGGCTATGGTGCATATAATGCATACATTTCAGCAGCTACCAGATATGCAGCTTTGGGTGCACCTACTCTGTATGACCATCCAGGGTCAGCTTATGGAAgtaagtcttctgctacgaagatcacaggtttgacacaaagcaactttgttaactggttaaatgttttctatttgacttacattgactag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TCAGCT