Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTCCAAACATTAGTTGATTCCAATGATGTGGTCTTCTTGTTGAATGAAACATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAGgtaaatcgtagacaaccactctgtaattaaggaccttttgagtagttctcataagagagaagtgaatatcatgcacttttaggagatcaggcttgagtgg...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g42850.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33677842|gb|CF306081.1|CF306081
EST:     CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACTATTTCAAG                         ATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
genomic: CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAGgtaaatcgta ... tccgctgcagATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
EST: gi|29640244|gb|CB645253.1|CB645253
EST:     CCTGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAG                         ATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
genomic: CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAGgtaaatcgta ... tccgctgcagATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
EST: gi|25798441|gb|CA754402.1|CA754402
EST:     CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAG                         ATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
genomic: CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAGgtaaatcgta ... tccgctgcagATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
EST: gi|29672224|gb|CB668499.1|CB668499
EST:     CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACGAG                         ATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
genomic: CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAGgtaaatcgta ... tccgctgcagATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
EST: gi|58676123|gb|CK064810.1|CK064810
EST:     CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAG                         ATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
genomic: CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAGgtaaatcgta ... tccgctgcagATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
EST: gi|29674599|gb|CB670874.1|CB670874
EST:     CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAG                         ATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
genomic: CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAGgtaaatcgta ... tccgctgcagATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
EST: gi|29674597|gb|CB670872.1|CB670872
EST:     CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAG                         ATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
genomic: CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAGgtaaatcgta ... tccgctgcagATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT