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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCCCGCCCGCCCGCGCGCGCGTTCGCGCTCCCCCGCCCCCACCACCCCAGATCCCGAGGCCCCGCTCCGCCGCCCGCGGGATCGCGGGCCCCGACACAAGgtatccgccccgaatccccctcgccggatctggccgctggttttcgctttttttttttttgaattctgccgcctccgccgccgccgcgggggagctgctg...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os12g13170.3
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88579135|gb|CI688109.1|CI688109
EST:     ATCCCGAGGCCCCGCTCCGCCGCCCGCGGGATCGCGGGCCCCGACACAAG                         ATTTTGCTTAATGCTACTTTATGCGTGTGTGGATAATGGAGTAATCACTGC
genomic: ATCCCGAGGCCCCGCTCCGCCGCCCGCGGGATCGCGGGCCCCGACACAAGgtatccgccc ... gccaattcagATTTTGCTTAATGCTACTTTATGCGTGTGTGGATAATGGAGTAATCACTGC