Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTGTGTCAATTCATGTTTGGTGCGATGGATTTGTCATGGATATTTTGGGCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGgttaggattgctcactggcctcagattattgttcggttcctttcaagttcgtgatgcttggttttgtttgagaccgttcgtctgcttgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os12g04204.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29665113|gb|CB661388.1|CB661388
EST:     GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATG                         CTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
genomic: GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGgttaggattg ... ctgcttgcagCTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
EST: gi|3759033|gb|C96732.1|C96732
EST:     GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATG                         CTATGCAGTTTTTCCNTCGGATCTAGTAATTT
genomic: GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGgttaggattg ... ctgcttgcagCTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTT
EST: gi|29681110|gb|CB677385.1|CB677385
EST:     GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATG                         CTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
genomic: GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGgttaggattg ... ctgcttgcagCTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
EST: gi|29672792|gb|CB669067.1|CB669067
EST:     GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATG                         CTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
genomic: GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGgttaggattg ... ctgcttgcagCTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
EST: gi|29667260|gb|CB663535.1|CB663535
EST:     GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATG                         CTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
genomic: GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGgttaggattg ... ctgcttgcagCTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
EST: gi|29675181|gb|CB671456.1|CB671456
EST:     GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATG                         CTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
genomic: GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGgttaggattg ... ctgcttgcagCTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
EST: gi|29645640|gb|CB650647.1|CB650647
EST:     GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATG                         CTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
genomic: GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGgttaggattg ... ctgcttgcagCTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
EST: gi|88273326|gb|CI388782.1|CI388782
EST:     CTCTGAATTGGTCATG                         CTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
genomic: CTCTGAATTGGTCATGgttaggattg ... ctgcttgcagCTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
EST: gi|29681391|gb|CB677666.1|CB677666
EST:     GCTTGATCAAAGGCTAAATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATG                         CTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
genomic: GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGgttaggattg ... ctgcttgcagCTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
EST: gi|29667029|gb|CB663304.1|CB663304
EST:     GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATG                         CTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
genomic: GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGgttaggattg ... ctgcttgcagCTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
EST: gi|33675075|gb|CF303314.1|CF303314
EST:     GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATG                         CTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
genomic: GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGgttaggattg ... ctgcttgcagCTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
EST: gi|29661293|gb|CB657568.1|CB657568
EST:     GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATG                         CTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
genomic: GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGgttaggattg ... ctgcttgcagCTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
EST: gi|29675125|gb|CB671400.1|CB671400
EST:     GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATG                         CTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
genomic: GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGgttaggattg ... ctgcttgcagCTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
EST: gi|29640820|gb|CB645827.1|CB645827
EST:     GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATG                         CTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
genomic: GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGgttaggattg ... ctgcttgcagCTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
EST: gi|29657161|gb|CB653436.1|CB653436
EST:     GCTTGATCATAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATG                         CTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
genomic: GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGgttaggattg ... ctgcttgcagCTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
EST: gi|29667028|gb|CB663303.1|CB663303
EST:     GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATG                         CTATGCAGTTTTTCCTTCGGAGCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
genomic: GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGgttaggattg ... ctgcttgcagCTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
EST: gi|33654146|gb|CF276760.1|CF276760
EST:     GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATG                         CTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
genomic: GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGgttaggattg ... ctgcttgcagCTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
EST: gi|29640827|gb|CB645834.1|CB645834
EST:     GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATG                         CTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
genomic: GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGgttaggattg ... ctgcttgcagCTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
EST: gi|29643071|gb|CB648078.1|CB648078
EST:     GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATG                         CTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA
genomic: GCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGgttaggattg ... ctgcttgcagCTATGCAGTTTTTCCTTCGGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTTGTGTCAATTCATGTTTGGTGCGATGGATTTGTCATGGATATTTTGGGCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGgttaggattgctcactggcctcagattattgttcggttcctttcaagttcgtgatgcttggttttgtttgagaccgttcgtctgcttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG