1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
CGCCGCCGCCGCCGCCACCGCAGCATCAGCCATGGCCGAAGTGGAGCTCCCGCAGCAGGAGGTCAAGCTCTTCAGCCGCTGGTCCTTCGAGGACGTCCAGgtgcgttggttcccctctcctccgtgctcctccctcctcttgggcccggtcgctaaccgcgttctccggcggcggcggcggtgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g29190.2 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CGCAGCAGGAGGTCAAGCTCTTCAGCCGCTGGTCCTTCGAGGACGTCCAG GTGAACGACATCTCGCTGGCGGACTACCTGGCGGTGAACCCGACGAAGCACEST: gi|29683927|gb|CB680202.1|CB680202
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EST: CGCAGCAGGAGGTCAAGCTCTTCAGCCGCTGGTCCTTCGAGGACGTCCAG GTGAACGACATCTCGCTGGCGGACTACCTGGCGGTGAACCCGACGAAGCACEST: gi|58678824|gb|CK067511.1|CK067511
genomic: CGCAGCAGGAGGTCAAGCTCTTCAGCCGCTGGTCCTTCGAGGACGTCCAGgtgcgttggt ... ggcggtgcagGTGAACGACATCTCGCTGGCGGACTACCTGGCGGTGAACCCGACGAAGCAC
EST: CGCAGCAGGAGGTCAAGCTCTTCAGCCGCTGGTCCTTCGAGGACGTCCAG GTGAACGACATCTCGCTGGCGGACTACCTGGCGGTGAACCCGACGAAGCACEST: gi|396941226|gb|HO188435.1|HO188435
genomic: CGCAGCAGGAGGTCAAGCTCTTCAGCCGCTGGTCCTTCGAGGACGTCCAGgtgcgttggt ... ggcggtgcagGTGAACGACATCTCGCTGGCGGACTACCTGGCGGTGAACCCGACGAAGCAC
EST: CGCAGCAGGAGGTCAAGCTCTTCAGCCGCTGGTCCTTCGAGGACGTCCAG GTGAACGACATCTCGCTGGCGGACTACCTGGCGGTGAACCCGACGAAGCACEST: gi|218497395|gb|FG967337.1|FG967337
genomic: CGCAGCAGGAGGTCAAGCTCTTCAGCCGCTGGTCCTTCGAGGACGTCCAGgtgcgttggt ... ggcggtgcagGTGAACGACATCTCGCTGGCGGACTACCTGGCGGTGAACCCGACGAAGCAC
EST: CGCAGCAGGAGGTCAAGCTCTTCAGCCGCTGGTCCTTCGAGGACGTCCAG GTGAACGACATCTCGCTGGCGGACTACCTGGCGGTGAACCCGACGAAGCACEST: gi|29686871|gb|CB683146.1|CB683146
genomic: CGCAGCAGGAGGTCAAGCTCTTCAGCCGCTGGTCCTTCGAGGACGTCCAGgtgcgttggt ... ggcggtgcagGTGAACGACATCTCGCTGGCGGACTACCTGGCGGTGAACCCGACGAAGCAC
EST: GCAGCAGGAGGTCAAGCTCTTCAGCCGCTGGTCCTTCGCCCGACGTCCAG GTGAACGACATCTCGCTGGCGGACTACCTGGCGGTGAACCCGACGAAGCACEST: gi|58587465|gb|CF985773.1|CF985773
genomic: GCAGCAGGAGGTCAAGCTCTTCAGCCGCTGGTCCTTCG-AGGACGTCCAGgtgcgttggt ... ggcggtgcagGTGAACGACATCTCGCTGGCGGACTACCTGGCGGTGAACCCGACGAAGCAC
EST: CTTCGAGGACGTCCAG GTGAACGACATCTCGCTGGCGGACTACCTGGCGGTGAACCCGACGAAGCACEST: gi|5005367|gb|AU070529.1|AU070529
genomic: CTTCGAGGACGTCCAGgtgcgttggt ... ggcggtgcagGTGAACGACATCTCGCTGGCGGACTACCTGGCGGTGAACCCGACGAAGCAC
EST: CGCAGCAGGAGGTCAAGCTCTTCAGCCGCTGGTCCTTCGAGGACGTCCAG GTGAACGACATCTCGCTGGCGGACTACCTGGCGGTGAACCCGACGAAGCACEST: gi|29689327|gb|CB685602.1|CB685602
genomic: CGCAGCAGGAGGTCAAGCTCTTCAGCCGCTGGTCCTTCGAGGACGTCCAGgtgcgttggt ... ggcggtgcagGTGAACGACATCTCGCTGGCGGACTACCTGGCGGTGAACCCGACGAAGCAC
EST: CGCAGCAGGAGGTCAAGCTCTTCAGCCGCTGGTCCTTCGAGGACGTCCAG GTGAACGACATCTCGCTGGCGGACTACCTGGCGGTGAACCCGACGAAGCAC
genomic: CGCAGCAGGAGGTCAAGCTCTTCAGCCGCTGGTCCTTCGAGGACGTCCAGgtgcgttggt ... ggcggtgcagGTGAACGACATCTCGCTGGCGGACTACCTGGCGGTGAACCCGACGAAGCAC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CGCCGCCGCCGCCGCCACCGCAGCATCAGCCATGGCCGAAGTGGAGCTCCCGCAGCAGGAGGTCAAGCTCTTCAGCCGCTGGTCCTTCGAGGACGTCCAGgtgcgttggttcccctctcctccgtgctcctccctcctcttgggcccggtcgctaaccgcgttctccggcggcggcggcggtgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT