Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGCCGCCATGAGGGAGTGCATCTCGATCCACATCGGGCAGGCCGGTATCCAGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaacaaaaacggatctgatgcttccattcctccgtttctcgtagtagcgcgcttcgatctgtgggtggatctgggtgatcctggggtgtggtt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g14220.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29640923|gb|CB645930.1|CB645930
EST:     AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|58665625|gb|CK054311.1|CK054311
EST:     AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|29685655|gb|CB681930.1|CB681930
EST:     AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|29681154|gb|CB677429.1|CB677429
EST:     AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|29646013|gb|CB651020.1|CB651020
EST:     TCGAGCATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: TCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|29659209|gb|CB655484.1|CB655484
EST:     AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|29641878|gb|CB646885.1|CB646885
EST:     AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|29626537|gb|CB631548.1|CB631548
EST:     AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCTGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|29627976|gb|CB632987.1|CB632987
EST:     AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCTGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|58663670|gb|CK052356.1|CK052356
EST:     AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCAT-GCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|396941103|gb|HO188312.1|HO188312
EST:     CATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: CATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|29687066|gb|CB683341.1|CB683341
EST:     AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|117239276|gb|CT848207.1|CT848207
EST:     AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCTGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|58664575|gb|CK053261.1|CK053261
EST:     AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCAT-GCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|29643387|gb|CB648394.1|CB648394
EST:     AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|29615252|gb|CB620264.1|CB620264
EST:     AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|4880942|gb|AU065241.1|AU065241
EST:     GCATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: GCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|29646061|gb|CB651068.1|CB651068
EST:     TCGAGCATGGCATCC-C                         CCTTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGACGTGATGATGC
genomic: TCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCC-TGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGC
EST: gi|58682813|gb|CK071500.1|CK071500
EST:     CATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: CATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|58670384|gb|CK059070.1|CK059070
EST:     AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|300215516|gb|HO088142.1|HO088142
EST:     GAGCATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTNGGGGGAGGTGATGATGC
genomic: GAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTT-GGGGGAGGTGATGATGC
EST: gi|29638508|gb|CB643517.1|CB643517
EST:     AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|58676087|gb|CK064774.1|CK064774
EST:     CATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGCTGATGATGCT
genomic: CATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|29676943|gb|CB673218.1|CB673218
EST:     AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|145755656|gb|ES351529.1|ES351529
EST:     AGCATGGCATCCAG                         CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
genomic: AGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: gi|300215550|gb|HO088176.1|HO088176
EST:     CCTCGAGCATGGCATCCGCG                         CCTGATGGACAGATGCCTGGTGACAAGACCGTTNGGGGGAGGTGATGATG
genomic: CCTCGAGCATGGCATCC-AGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTT-GGGGGAGGTGATGATG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 413

CGCCGCCATGAGGGAGTGCATCTCGATCCACATCGGGCAGGCCGGTATCCAGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTTTTAACACCTTCTTCAGTGAGACTGGTGCTGGGAAGCATGTCCCCCGTG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CGCCGCCATGAGGGAGTGCATCTCGATCCACATCGGGCAGGCCGGTATCCAGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaacaaaaacggatctgatgcttccattcctccgtttctcgtagtagcgcgcttcgatctgtgggtggatctgggtgatcctggggtgtggtt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttcctcc