Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCGCACTGTTCGATCGTAGCATCCATGACCACTGTGGCATCGCTGTCTTTGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttcttcttgttgttccttgaatctgtttttgttgttgttgtttggcgattcttgaatttgttttggggtatctggcgatgggaggaaccatgttt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g41780.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88430955|gb|CI571945.1|CI571945
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|29616566|gb|CB621578.1|CB621578
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|33663338|gb|CF294305.1|CF294305
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88421553|gb|CI618677.1|CI618677
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|319908603|gb|HS977731.1|HS977731
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCANATNG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|702417|gb|D48708.1|D48708
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88413465|gb|CI581480.1|CI581480
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|58613001|gb|CK040713.1|CK040713
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88367729|gb|CI570468.1|CI570468
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88398836|gb|CI601172.1|CI601172
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88311867|gb|CI577473.1|CI577473
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88413458|gb|CI581473.1|CI581473
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88367217|gb|CI563981.1|CI563981
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|58607739|gb|CK035772.1|CK035772
EST:     CTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: CTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|29615262|gb|CB620274.1|CB620274
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88433019|gb|CI569688.1|CI569688
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|58610615|gb|CK038327.1|CK038327
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88413412|gb|CI581427.1|CI581427
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88718221|gb|CI741731.1|CI741731
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88413079|gb|CI578930.1|CI578930
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTATATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88415174|gb|CI583997.1|CI583997
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|33801660|gb|CF326701.1|CF326701
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88417338|gb|CI578999.1|CI578999
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88456100|gb|CI567666.1|CI567666
EST:     TGCTGGCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88417082|gb|CI573797.1|CI573797
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88312929|gb|CI590025.1|CI590025
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|29671985|gb|CB668260.1|CB668260
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88398835|gb|CI601171.1|CI601171
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88421362|gb|CI569207.1|CI569207
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|29614576|gb|CB619589.1|CB619589
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88449383|gb|CI582255.1|CI582255
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|58611750|gb|CK039462.1|CK039462
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|29613349|gb|CB618362.1|CB618362
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|29617757|gb|CB622769.1|CB622769
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|58606204|gb|CK034237.1|CK034237
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88407929|gb|CI588958.1|CI588958
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88311956|gb|CI580121.1|CI580121
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88389356|gb|CI600525.1|CI600525
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88413409|gb|CI581424.1|CI581424
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88424250|gb|CI581805.1|CI581805
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88398875|gb|CI601211.1|CI601211
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|29670404|gb|CB666679.1|CB666679
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88403487|gb|CI573210.1|CI573210
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|58606297|gb|CK034330.1|CK034330
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88397296|gb|CI580806.1|CI580806
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88426582|gb|CI579411.1|CI579411
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|58608317|gb|CK036350.1|CK036350
EST:     TGCTGCCGCAC-TGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAGAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|58606196|gb|CK034229.1|CK034229
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88426497|gb|CI576739.1|CI576739
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88412983|gb|CI578834.1|CI578834
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88728950|gb|CI752460.1|CI752460
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
EST: gi|88387649|gb|CI585352.1|CI585352
EST:     TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAG                         GGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT
genomic: TGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttctt ... aactacacagGGTGTTGGTAGATATGGAGGAATCAAGGTGTATGCGGTGCTCGGTGATGAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCGCACTGTTCGATCGTAGCATCCATGACCACTGTGGCATCGCTGTCTTTGCTGCCGCACTTGCTCATCAAGCCTTCCTTCAGGTGTTGCTCCAGAAAGgtgagttcttcttgttgttccttgaatctgtttttgttgttgttgtttggcgattcttgaatttgttttggggtatctggcgatgggaggaaccatgttt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC