1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GACTACCTGGGGATATACAGCATAATGTTTTGGACTCTTACTTTAATTGGTGTGGTCAAGTATGTATGCATAGCTCTCAATGCTGATGATCATGGTGAAGgtaactaaccaattctactgctacctttcctctctctattcttcatttttgagtggctacctttccagataattgttgaattaagcaatagcatttggac...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os09g27580.1 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGTGGTCAAGTATGTATGCATAGCTCTCAATGCTGATGATCATGGTGAAG GTGGTACATTTGCCATGTATTCTTTGTTGTGTAGGCATGCTGATATAGGCAEST: gi|88443482|gb|CI594570.1|CI594570
genomic: TGTGGTCAAGTATGTATGCATAGCTCTCAATGCTGATGATCATGGTGAAGgtaactaacc ... ctttctgcagGTGGTACATTTGCCATGTATTCTTTGTTGTGTAGGCATGCTGATATAGGCA
EST: TGTGGTCAAGTATGTATGCATAGCTCTCAATGCTGATGATCATGGTGAAG GTGGTACATTTGCCATGTATTCTTTGTTGTGTAGGCATGCTGATATAGGCAEST: gi|88407291|gb|CI583749.1|CI583749
genomic: TGTGGTCAAGTATGTATGCATAGCTCTCAATGCTGATGATCATGGTGAAGgtaactaacc ... ctttctgcagGTGGTACATTTGCCATGTATTCTTTGTTGTGTAGGCATGCTGATATAGGCA
EST: TGTGGTCAAGTATGTATGCATAGCTCTCAATGCTGATGATCATGGTGAAG GTGGTACATTTGCCATGTATTCTTTGTTGTGTAGGCATGCTGATATAGGCAEST: gi|88361917|gb|CI682091.1|CI682091
genomic: TGTGGTCAAGTATGTATGCATAGCTCTCAATGCTGATGATCATGGTGAAGgtaactaacc ... ctttctgcagGTGGTACATTTGCCATGTATTCTTTGTTGTGTAGGCATGCTGATATAGGCA
EST: TGTGGTCAAGTATGTATGCATAGCTCTCAATGCTGATGATCATGGTGAAG GTGGTACATTTGCCATGTATCCTTTGTNGTGTAGGCATGCTGEST: gi|88421359|gb|CI569204.1|CI569204
genomic: TGTGGTCAAGTATGTATGCATAGCTCTCAATGCTGATGATCATGGTGAAGgtaactaacc ... ctttctgcagGTGGTACATTTGCCATGTATTCTTTGTTGTGTAGGCATGCTG
EST: TGTGGTCAAGTATGTATGCATAGCTCTCAATGCTGATGATCATGGTGAAG GTGGTACATTTGCCATGTATTCTTTGTTGTGTAGGCATGCTGATATAGGCAEST: gi|88406185|gb|CI593965.1|CI593965
genomic: TGTGGTCAAGTATGTATGCATAGCTCTCAATGCTGATGATCATGGTGAAGgtaactaacc ... ctttctgcagGTGGTACATTTGCCATGTATTCTTTGTTGTGTAGGCATGCTGATATAGGCA
EST: TGTGGTCAAGTATGTATGCATAGCTCTCAATGCTGATGATCATGGTGAAG GTGGTACATTTGCCATGTATTTTTTGTTGTGTAGGCATGCTGATATAGGCAEST: gi|88454305|gb|CI569877.1|CI569877
genomic: TGTGGTCAAGTATGTATGCATAGCTCTCAATGCTGATGATCATGGTGAAGgtaactaacc ... ctttctgcagGTGGTACATTTGCCATGTATTCTTTGTTGTGTAGGCATGCTGATATAGGCA
EST: TGTGGTCAAGTATGTATGCATAGCTCTCAATGCTGATGATCATGGTGAAG GTGGTACATTTGCCATGTATTCTTTGTTGTGTAGGCATGCTGATATAGGCA
genomic: TGTGGTCAAGTATGTATGCATAGCTCTCAATGCTGATGATCATGGTGAAGgtaactaacc ... ctttctgcagGTGGTACATTTGCCATGTATTCTTTGTTGTGTAGGCATGCTGATATAGGCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GACTACCTGGGGATATACAGCATAATGTTTTGGACTCTTACTTTAATTGGTGTGGTCAAGTATGTATGCATAGCTCTCAATGCTGATGATCATGGTGAAGgtaactaaccaattctactgctacctttcctctctctattcttcatttttgagtggctacctttccagataattgttgaattaagcaatagcatttggac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctctctct