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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGCCGCGCGTCGCCGCATCCCGTCCACGGCCGCCCGCCTCCTCGACTACCCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatgagaccgagactaaacgttttgttttatttggggtttactgttcgtctgaactcgaatcgtttggttgcaag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g06499.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86906456|gb|CI294579.1|CI294579
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCG                         GAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
EST: gi|88825763|gb|CI776328.1|CI776328
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCG                         G---CGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
EST: gi|29678820|gb|CB675095.1|CB675095
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCG                         GAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
EST: gi|88395792|gb|CI590807.1|CI590807
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGGGGTGGCCGCCGGTCCCG                         GAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
EST: gi|88414979|gb|CI601811.1|CI601811
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCG                         GAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
EST: gi|88403483|gb|CI573206.1|CI573206
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCG                         GAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
EST: gi|88424236|gb|CI581791.1|CI581791
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCG                         GAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTC-GGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
EST: gi|88576246|gb|CI670391.1|CI670391
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCG                         GAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
EST: gi|117236351|gb|CT842269.1|CT842269
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCG                         GAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
EST: gi|88342669|gb|CI657163.1|CI657163
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCG                         GAGGCGGCCTCCGATTTAATGGANAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
EST: gi|88415643|gb|CI589235.1|CI589235
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCG                         GAGGCGGC-TCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCG
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCG
EST: gi|87021330|gb|CI295389.1|CI295389
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCG                         GAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
EST: gi|88760522|gb|CI770078.1|CI770078
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCC-                         --GGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
EST: gi|88410826|gb|CI578632.1|CI578632
EST:     CCAAAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCG                         GAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
EST: gi|88332388|gb|CI656257.1|CI656257
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCG                         GAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
EST: gi|88355830|gb|CI626271.1|CI626271
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCG                         GAGGCGGCCTCAGATTTAATGGAGAAGCTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGG
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAG-TCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGG
EST: gi|88403467|gb|CI573190.1|CI573190
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCG                         GAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
EST: gi|29614648|gb|CB619661.1|CB619661
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCG                         GAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
EST: gi|88294307|gb|CI667281.1|CI667281
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCG                         GAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
EST: gi|88380781|gb|CI634806.1|CI634806
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCG                         GAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAAAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
EST: gi|29674506|gb|CB670781.1|CB670781
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCG                         GAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
EST: gi|88741185|gb|CI764693.1|CI764693
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCC-                         --GGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
EST: gi|38474049|gb|CF958181.1|CF958181
EST:     CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCG                         GAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC
genomic: CCACAGTCGTCTTGCTCGCACCTCCGCCGCTGCGGTGGCCGCCGGTCCCGgtgagcaatg ... tggttgcaagGAGGCGGCCTCCGATTTAATGGAGAAGTCCTACGCGTCGGCGAGCTCCGGC