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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCGCCGCCACCGAGCCACTGCTTCTTCTGTGCGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctgagctctctccgctccggtacgttgatccgctcgtggtttgttccgttattgatctgacgtctcgctgttgcatcttttcgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g41810.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88569588|gb|CI660763.1|CI660763
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
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EST: gi|88736061|gb|CI759569.1|CI759569
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
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EST: gi|88329008|gb|CI658658.1|CI658658
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCGGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCAAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|3761527|gb|C98775.1|C98775
EST:     CGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
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EST: gi|88339235|gb|CI633806.1|CI633806
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88742236|gb|CI765744.1|CI765744
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88569569|gb|CI660744.1|CI660744
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
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EST: gi|88590119|gb|CI708948.1|CI708948
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
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EST: gi|88693808|gb|CI735385.1|CI735385
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
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EST: gi|88349920|gb|CI634455.1|CI634455
EST:     TACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: TACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88314950|gb|CI610009.1|CI610009
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
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EST: gi|88346135|gb|CI634008.1|CI634008
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
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EST: gi|88335987|gb|CI645588.1|CI645588
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
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EST: gi|88348584|gb|CI634179.1|CI634179
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88732230|gb|CI757078.1|CI757078
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|38565668|gb|CK085121.1|CK085121
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88576077|gb|CI670222.1|CI670222
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88591466|gb|CI707502.1|CI707502
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88357622|gb|CI623676.1|CI623676
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGGCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGAACAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88290637|gb|CI667010.1|CI667010
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88308770|gb|CI653657.1|CI653657
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88731799|gb|CI753519.1|CI753519
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|86899886|gb|CI300046.1|CI300046
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88362003|gb|CI607003.1|CI607003
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88368933|gb|CI636710.1|CI636710
EST:     TACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: TACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88309084|gb|CI654703.1|CI654703
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|426713|gb|D22783.1|D22783
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88337583|gb|CI630880.1|CI630880
EST:     GAGCTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: GAGCTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88327780|gb|CI657824.1|CI657824
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88586833|gb|CI704553.1|CI704553
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88342189|gb|CI658844.1|CI658844
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88296258|gb|CI667648.1|CI667648
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88721296|gb|CI744595.1|CI744595
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88325699|gb|CI648142.1|CI648142
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88392867|gb|CI624098.1|CI624098
EST:     GCTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: GCTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88742322|gb|CI765830.1|CI765830
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88575603|gb|CI669748.1|CI669748
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88340872|gb|CI637032.1|CI637032
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88570837|gb|CI662210.1|CI662210
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88692632|gb|CI736207.1|CI736207
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88306868|gb|CI672036.1|CI672036
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|568190|gb|D39025.1|D39025
EST:     AGAGCTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: AGAGCTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88349906|gb|CI634441.1|CI634441
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|427670|gb|D23804.1|D23804
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTNGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88332741|gb|CI660259.1|CI660259
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|33670174|gb|CF298413.1|CF298413
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
EST: gi|88331769|gb|CI640800.1|CI640800
EST:     CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATG                         GGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT
genomic: CTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 68 (downstream exon)
Score: 78

CCGCCGCCACCGAGCCACTGCTTCTTCTGTGCGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctg ... cttttcgcagGGCAAGTACTCGACGGAGCCGTCCAACCCGACCAAGT




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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCGCCGCCACCGAGCCACTGCTTCTTCTGTGCGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCTACCCTTCCCTTCCCTTCTCCTCCTCCTGCTCCGCCGCCGCCATGgttagtcctgagctctctccgctccggtacgttgatccgctcgtggtttgttccgttattgatctgacgtctcgctgttgcatcttttcgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC