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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCCACTATTACTACCACTCCCCCTCGCCTTCTCCGCCTCCACAGCGACCAGCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacccgcttcctcctccctcgtccccgatccgtgccgcccacctcctcgctcgctgtgcgtggcgcggtgtttcactgatctgtgctttgcggg...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g23810.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88449350|gb|CI582222.1|CI582222
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|88370877|gb|CI594989.1|CI594989
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATT-CACCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|88317317|gb|CI627966.1|CI627966
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|88326669|gb|CI658391.1|CI658391
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCANCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|88307608|gb|CI643459.1|CI643459
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|58679709|gb|CK068396.1|CK068396
EST:     CAGCCGCGCCGAGCTCCTCAGATCCCTCGTGCATTCCGCCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: CAGCCGCGCCGAGCTCC-CAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|88327289|gb|CI645066.1|CI645066
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAG                         CAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|88407492|gb|CI586333.1|CI586333
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|88719502|gb|CI743012.1|CI743012
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|88717633|gb|CI741143.1|CI741143
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAG                         CAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|88399474|gb|CI606095.1|CI606095
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|88719687|gb|CI743197.1|CI743197
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|88399311|gb|CI618501.1|CI618501
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTGCCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|58672850|gb|CK061536.1|CK061536
EST:     CAGCCGCGCCGAGCTCCTCAGATCCCTCGTGCATTCCGCCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: CAGCCGCGCCGAGCTCC-CAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|58659884|gb|CK048564.1|CK048564
EST:     CAGCCGCGCCGAGCTCCTCAGATCCCTCGTGCATTCCGCCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: CAGCCGCGCCGAGCTCC-CAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|88330328|gb|CI633530.1|CI633530
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAG                         CAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|66924970|gb|CX111818.1|CX111818
EST:     CGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: CGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|88294433|gb|CI667407.1|CI667407
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|88728555|gb|CI752065.1|CI752065
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|88721496|gb|CI744795.1|CI744795
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|88370906|gb|CI595018.1|CI595018
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|88329899|gb|CI651576.1|CI651576
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAG                         CAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|88395429|gb|CI612951.1|CI612951
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|33795136|gb|CF323441.1|CF323441
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAG                         CAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|88333772|gb|CI643804.1|CI643804
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
EST: gi|33691058|gb|CF319297.1|CF319297
EST:     GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCC--G                         -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 66 (upstream exon), 30 (downstream exon)
Score: 2

CCCACTATTACTACCACTCCCCCTCGCCTTCTCCGCCTCCACAGCGACCAGCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACGCCCCTGCATCTCAGCCTCCCAGGGAATGCTTACTTCCAGGGCGGCGGTC




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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCCACTATTACTACCACTCCCCCTCGCCTTCTCCGCCTCCACAGCGACCAGCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacccgcttcctcctccctcgtccccgatccgtgccgcccacctcctcgctcgctgtgcgtggcgcggtgtttcactgatctgtgctttgcggg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cacccgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cctcctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cgtcccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccgccca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggcgcgg