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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACACGCGACTAGCAGAAGCCGAGCGACCGCCTCCTCGATCCATATCTTCCGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcctcccttcggttgttcttgaatttattgttctaggttgtgtagtacgggccttgatgttaggaaaggggatctgtatctgtgatgattcctg...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g34589.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33807253|gb|CF329507.1|CF329507
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genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|5667264|gb|AU077792.1|AU077792
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88570587|gb|CI661960.1|CI661960
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88689675|gb|CI733251.1|CI733251
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88410528|gb|CI686466.1|CI686466
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88419463|gb|CI686673.1|CI686673
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
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EST: gi|88588717|gb|CI706554.1|CI706554
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
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EST: gi|88585800|gb|CI701391.1|CI701391
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88575978|gb|CI670123.1|CI670123
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
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EST: gi|33822543|gb|CF337077.1|CF337077
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EST: gi|88334867|gb|CI648642.1|CI648642
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88742770|gb|CI766278.1|CI766278
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
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EST: gi|33692815|gb|CF321054.1|CF321054
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EST: gi|3106906|gb|D42637.1|D42637
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genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|33657353|gb|CF279967.1|CF279967
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGGTCTCG
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EST: gi|33807406|gb|CF329576.1|CF329576
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
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EST: gi|55440331|gb|CV733475.1|CV733475
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
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EST: gi|88342318|gb|CI658973.1|CI658973
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
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EST: gi|88587861|gb|CI705641.1|CI705641
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
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EST: gi|88825327|gb|CI775892.1|CI775892
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
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EST: gi|33658568|gb|CF281181.1|CF281181
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
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EST: gi|33657837|gb|CF280451.1|CF280451
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|33825442|gb|CF338527.1|CF338527
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
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EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|33655865|gb|CF278479.1|CF278479
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|33655471|gb|CF278085.1|CF278085
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTTGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
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EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|11172798|gb|AU164463.1|AU164463
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88763427|gb|CI772879.1|CI772879
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88593262|gb|CI709425.1|CI709425
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCANTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|8955727|gb|BE229533.1|BE229533
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88346311|gb|CI635789.1|CI635789
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|33808706|gb|CF330238.1|CF330238
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|5005049|gb|AU068352.1|AU068352
EST:     CGGTCGANTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88385731|gb|CI566593.1|CI566593
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88355625|gb|CI679348.1|CI679348
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88582235|gb|CI699629.1|CI699629
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|11171616|gb|AU163876.1|AU163876
EST:     GTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCNTCNTCCAACTTCCTCCTTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTTGATC
genomic: GTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCC-ACCTCCTCC-TCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGC-TTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTC-TGATC
EST: gi|33691427|gb|CF319666.1|CF319666
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88958926|gb|CI685737.1|CI685737
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|55439251|gb|CV732928.1|CV732928
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGTCTTTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88339341|gb|CI633912.1|CI633912
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|33656734|gb|CF279348.1|CF279348
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCT-ACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|33812091|gb|CF331934.1|CF331934
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|33654926|gb|CF277540.1|CF277540
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|33656760|gb|CF279374.1|CF279374
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
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genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
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EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|55436839|gb|CV731585.1|CV731585
EST:     GGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTTTTCTCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTC
genomic: GGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTC-CTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTC
EST: gi|218483774|gb|FG955252.1|FG955252
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGAGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGACAAAGTTTCATGTCTGATCT
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTG-GTGTAGCTTGCCACTTTCACCAG-CAAAGTTTCATGTCTGATCT
EST: gi|163929418|gb|EG713843.1|EG713843
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|218501665|gb|FG956181.1|FG956181
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GACACGCGACTAGCAGAAGCCGAGCGACCGCCTCCTCGATCCATATCTTCCGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcctcccttcggttgttcttgaatttattgttctaggttgtgtagtacgggccttgatgttaggaaaggggatctgtatctgtgatgattcctg

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcctccc