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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCGCACGGCCGCAACCCACCACCACTCCCGAAGCTTCTCTCATGGCGGCCATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctcactctctctcttccttcgagtccggtctactgcagcagtgttagtcaagcagatattacttctaaatatctaatccaatctttttcttacatgtctcttgtgcacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g45660.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88571508|gb|CI662881.1|CI662881
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|88736487|gb|CI759995.1|CI759995
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|218505045|gb|FG968801.1|FG968801
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|88575049|gb|CI666818.1|CI666818
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|88572461|gb|CI664032.1|CI664032
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|38477525|gb|CF961658.1|CF961658
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|58596640|gb|CK007168.1|CK007168
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|88347703|gb|CI655056.1|CI655056
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|33822248|gb|CF336938.1|CF336938
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|38475613|gb|CF959746.1|CF959746
EST:     CTCCTCTCTCCGCCGCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGC-TCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: CTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|88334078|gb|CI641129.1|CI641129
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|33689070|gb|CF317309.1|CF317309
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|25797786|gb|CA753747.1|CA753747
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGGCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|55414604|gb|CV726980.1|CV726980
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|55414535|gb|CV726911.1|CV726911
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|38481086|gb|CF965175.1|CF965175
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|163925430|gb|EG713343.1|EG713343
EST:     CTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: CTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|88382349|gb|CI633207.1|CI633207
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|33657720|gb|CF280334.1|CF280334
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCTTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|24208483|gb|AU225510.1|AU225510
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|88345287|gb|CI655747.1|CI655747
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|88376801|gb|CI639126.1|CI639126
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|33823879|gb|CF337751.1|CF337751
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|33656833|gb|CF279447.1|CF279447
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|88380875|gb|CI634900.1|CI634900
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|11442620|gb|BF430523.1|BF430523
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|88308825|gb|CI654108.1|CI654108
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGNTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|55435458|gb|CV730859.1|CV730859
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTC-C
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|33815380|gb|CF333544.1|CF333544
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|33659581|gb|CF282194.1|CF282194
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|88736146|gb|CI759654.1|CI759654
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|88361022|gb|CI646046.1|CI646046
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|112785873|gb|EE591589.1|EE591589
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
EST: gi|88586835|gb|CI704555.1|CI704555
EST:     ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCG                         GCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC
genomic: ATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 33 (upstream exon), 60 (downstream exon)
Score: 2

CCGCACGGCCGCAACCCACCACCACTCCCGAAGCTTCTCTCATGGCGGCCATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctc ... ttgtgcacagGCGCTCACCCTTGCTGCGGCCTCACGGTCTCCGACTCTCCCGCCGCTTCGCTCCCCAAAG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCGCACGGCCGCAACCCACCACCACTCCCGAAGCTTCTCTCATGGCGGCCATGGCCGCGGCGGCGAAGCTCACGGCGGCCGCCTCCTCTCTCCTCCTCCGgtgagctctcactctctctcttccttcgagtccggtctactgcagcagtgttagtcaagcagatattacttctaaatatctaatccaatctttttcttacatgtctcttgtgcacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC