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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGGGGAGATTGGCGTCGGCACTCCGCCGCAGAAATTCACCGTCATCTTCGACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccctgttcgatgcactggtcaaggggaattctcccaagagtcttgttgcgattgcgacctgtgctaatggtggatttttttttccttgtggcgattgatgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g49200.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G102933_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
CGGGGAGATTGGCGTCGGCACTCCGCCGCAGAAATTCACCGTCATCTTCGACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccctgttcgatgcactggtcaaggggaattctcccaagagtcttgttgcgattgcgacct-gtgctaatggtggattttt---ttttccttgtggcgat-tgatgcag
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TGGGGAGATCGGCGTCGGGACGCCGCCGCAGAAGTTCACCGTCATCTTCGACACCGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCCTCCAAGTGCTATTTCTCGgtgcgtcctcgtccgtt-ccttcgcctcgtcgaggttttttaagggtctggctgtgttttttttttcgtgctaagactggacactggagtgtgtttttcggttatgtgatgcag

upper sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G065757_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
CGGGGAGATTGGCGTCGGCACTCCGCCGCAGAAATTCACCGTCATCTTCGACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccctgttcgatgcactggtcaaggggaattctcccaagagtcttgttgcgattgcgacctgtgctaatggtggatttttttttccttgtggcgattgatgcag
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TGGGGAGATCGGCGTCGGCTCGCCGCAGCAGAAGTTCACCGTCATCTTCGACACCGGCAGTTCCAACCTCTGGGTGCCGTCCTCCAAGTGCTACTTCTCGgtgcgtcctggttcctccccttgcctggccgaggttttcctttt--tcaggacttggatgtgttttgcgctaacactggagtgtgcttttgtgctgatg--tgatgcag

upper sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
lower sequence: Vv10s0116g01210.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
CGGGGAGATTGGCGTCGGCACTCCGCCGCAGAAATTCACCGTCATCTTCGACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccctgt-tcgatgcactggtcaaggggaattctcccaagagtcttgttgcgattgcgacctg--tgctaatggtggattttt------ttttccttgtggcgatt-gatgcag
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TGGTGAAATTGGTATTGGTACTCCCCCTCAAACGTTCACTGTAATCTTTGACACTGGTAGCTCAAACCTGTGGGTTCCATCATCCAAGTGCTATTTCTCGgtgagcttccatatttctgtggaatgtgacaatatgttagtgaacatttttttttccatttcaagttggttggaagcaagagaatcatcatgtgtttgaattttgtcattttggtgcag

upper sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
lower sequence: PP1S93_73V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
CGGGGAGATTGGCGTCGGCACTCCGCCGCAGAAATTCACCGTCATCTTCGACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccctgttcgatgcactggtcaaggggaattctcccaagagtcttgttgcgattgcg--acctgtgctaatggtggatttttttttccttgtggcgattgatgcag-
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CGGAGAGATCGGAATAGGGTCGCCTCCCCAGCCCTTCGCTGTCATCTTCGACACCGGGAGCTCCAATCTCTGGGTCCCGTCTGCCAAGTGCTACTTGTCGgtgcgtttctccttgggatggttattaa--------ttcct--gggttcagttggtggcgcatcattcatgccgctgtttg--tggtcagaaaccgtagctgatcatgtgtc

upper sequence: LOC_Os05g49200.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
lower sequence: PP1S113_31V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 1
CGGGGAGATTGGCGTCGGCACTCCGCCGCAGAAATTCACCGTCATCTTCGACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccctgttcgatgcactggtcaaggggaattctcccaagagtcttgttgcgattgcgacctgtgctaatggtggatttttttt-tccttgtggcgattgatgcag
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CGGAGAGATCGGCATTGGGTCGCCTCCTCAGCCTTTTTCCGTCATTTTTGACACCGGGAGCTCCAACCTCTGGGTCCCCTCTGCCAAGTGCTACTTGTCGgtgcgtttctaat---tgtggttgttttgtggg-ttgtctcgattggactg----agctactttaggtactagttgtggctttcgtgtgtaatcctgggaaagggggt--

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14191705|gb|AU183916.1|AU183916
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGC
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGC
EST: gi|25800141|gb|CA756102.1|CA756102
EST:     ACACTGGCAGCTCCNACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACNAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|58655126|gb|CK043806.1|CK043806
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|58672084|gb|CK060770.1|CK060770
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29639173|gb|CB644182.1|CB644182
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29673512|gb|CB669787.1|CB669787
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|58666154|gb|CK054840.1|CK054840
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAAGTCGAGCACTTA
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACA-GTCGAGCACTTA
EST: gi|29660449|gb|CB656724.1|CB656724
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|58656789|gb|CK045469.1|CK045469
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGCGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29643320|gb|CB648327.1|CB648327
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29675128|gb|CB671403.1|CB671403
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|58668447|gb|CK057133.1|CK057133
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29660445|gb|CB656720.1|CB656720
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|58658759|gb|CK047439.1|CK047439
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29657722|gb|CB653997.1|CB653997
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29687486|gb|CB683761.1|CB683761
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|58611088|gb|CK038800.1|CK038800
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCG
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCG
EST: gi|58597788|gb|CK008316.1|CK008316
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|58670333|gb|CK059019.1|CK059019
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|12404722|gb|AU166323.1|AU166323
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTT
EST: gi|58661737|gb|CK050417.1|CK050417
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|88385492|gb|CI564152.1|CI564152
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29615519|gb|CB620531.1|CB620531
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|58663482|gb|CK052168.1|CK052168
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29669082|gb|CB665357.1|CB665357
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|13165545|gb|AU174342.1|AU174342
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29660989|gb|CB657264.1|CB657264
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29627821|gb|CB632832.1|CB632832
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|58595938|gb|CK006466.1|CK006466
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGT
EST: gi|58694996|gb|CK083683.1|CK083683
EST:     CACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: CACTGGCAGCTCCAACCTCTGGG-TGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29677506|gb|CB673781.1|CB673781
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|8251272|gb|AU091468.1|AU091468
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29642551|gb|CB647558.1|CB647558
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|58670154|gb|CK058840.1|CK058840
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|58666874|gb|CK055560.1|CK055560
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|218478948|gb|FG952780.1|FG952780
EST:     GTGCTACTTCTCG                         A-TGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: GTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|58681561|gb|CK070248.1|CK070248
EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ANTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
EST: gi|29636406|gb|CB641415.1|CB641415
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EST:     ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCG                         ATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT
genomic: ACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 61 (downstream exon)
Score: 216

CGGGGAGATTGGCGTCGGCACTCCGCCGCAGAAATTCACCGTCATCTTCGACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccct ... attgatgcagATTGCGTGCTTCTTCCACTCTCGCTACAAGTCCGGACAGTCGAGCACTTATCAGAAGAATG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CGGGGAGATTGGCGTCGGCACTCCGCCGCAGAAATTCACCGTCATCTTCGACACTGGCAGCTCCAACCTCTGGGTGCCGTCGGCCAAGTGCTACTTCTCGgtgagtccctgttcgatgcactggtcaaggggaattctcccaagagtcttgttgcgattgcgacctgtgctaatggtggatttttttttccttgtggcgattgatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC