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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGGGCGGTGCTTCCTCCGTCCTCCGGCTCCTCCTCGCGTTGCAGTGCGGGGTGGTGGTGGTGGTGTTGCAGTGCTCGGCGAATGCGTTGGGCAGTGACGgtgagtgttgtcgcttgcgcggttgcgccgtgtatgtgtgttcttccactgacttggtgtttttctttcctgttttttttggtcggattttagggagttt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g58700.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58676811|gb|CK065498.1|CK065498
EST:     GGTGGTGGTGGTGGTGTTGCAGTGCTCGGCGAATGCGTTGGGCAGTGACG                         TCTCGGCGCTCATCGCGTTCAAGCGCGCAATCATCGAGGACCCCCGGTCGG
genomic: GGTGGTGGTGGTGGTGTTGCAGTGCTCGGCGAATGCGTTGGGCAGTGACGgtgagtgttg ... cttgtgctagTCTCGGCGCTCATCGCGTTCAAGCGCGCAATCATCGAGGACCCCCGGTCGG
EST: gi|86884287|gb|CI311697.1|CI311697
EST:     GGTGGTGGTGGTGGTGTTGCAGTGCTCGGCGAATGCGTTGGGCAGTGACG                         TCTCGGCGCTCATCGCGTTCAAGCGCGCAATCATCGAGGACCCCCGGTCGG
genomic: GGTGGTGGTGGTGGTGTTGCAGTGCTCGGCGAATGCGTTGGGCAGTGACGgtgagtgttg ... cttgtgctagTCTCGGCGCTCATCGCGTTCAAGCGCGCAATCATCGAGGACCCCCGGTCGG
EST: gi|58664033|gb|CK052719.1|CK052719
EST:     GGTGGTGGTGGTGGTGTTGCAGTGCTCGGCGAATGCGTTGGGCAGTGACG                         TCTCGGCGCTCATCGCGTTCAAGCGCGCAATCATCGAGGACCCCCGGTCGG
genomic: GGTGGTGGTGGTGGTGTTGCAGTGCTCGGCGAATGCGTTGGGCAGTGACGgtgagtgttg ... cttgtgctagTCTCGGCGCTCATCGCGTTCAAGCGCGCAATCATCGAGGACCCCCGGTCGG
EST: gi|88579514|gb|CI688511.1|CI688511
EST:     GGTGGTGGTGGTGGTGTTGCAGTGCTCGGCGAATGCGTTGGGCAGTGACG                         TCTCGGCGCTCATCGCGTTCAAGCGCGCA
genomic: GGTGGTGGTGGTGGTGTTGCAGTGCTCGGCGAATGCGTTGGGCAGTGACGgtgagtgttg ... cttgtgctagTCTCGGCGCTCATCGCGTTCAAGCGCGCA
EST: gi|88328695|gb|CI678496.1|CI678496
EST:     GGTGGTGGTGGTGGTGTTGCAGTGCTCGGCGAATGCGTTGGGCAGTGACG                         TCTCGGCGCTCATCGCGTTCAAGCGCGCAATCATCGAGGACCCCCGGTCGG
genomic: GGTGGTGGTGGTGGTGTTGCAGTGCTCGGCGAATGCGTTGGGCAGTGACGgtgagtgttg ... cttgtgctagTCTCGGCGCTCATCGCGTTCAAGCGCGCAATCATCGAGGACCCCCGGTCGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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TGGGGCGGTGCTTCCTCCGTCCTCCGGCTCCTCCTCGCGTTGCAGTGCGGGGTGGTGGTGGTGGTGTTGCAGTGCTCGGCGAATGCGTTGGGCAGTGACGgtgagtgttgtcgcttgcgcggttgcgccgtgtatgtgtgttcttccactgacttggtgtttttctttcctgttttttttggtcggattttagggagttt

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