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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCCCCCTACTTAAGCCCGCCTCCCACTCGCTTAGCCGCCGCCGCCGCCTCTCCCCGCCTCCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctcgtcgccggtagccattgccgccctgctcctctctgttcgctcgtcgccccgtcccgatctgaccctggtgggtttcgctgttcgctgcgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g51630.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|218497125|gb|FG954384.1|FG954384
EST:     GCCTCCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
genomic: GCCTCCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
EST: gi|38470057|gb|CF954188.1|CF954188
EST:     CGCCTCCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGT-CGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
genomic: CGCCTCCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
EST: gi|55411844|gb|CV724220.1|CV724220
EST:     CCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
genomic: CCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
EST: gi|38483035|gb|CF966837.1|CF966837
EST:     CCCGCCTCCCCACTCCCCGTCT-CTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGT-CGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
genomic: CCCGCCTCCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
EST: gi|58686835|gb|CK075522.1|CK075522
EST:     ACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
genomic: ACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
EST: gi|88310572|gb|CI659362.1|CI659362
EST:     TCCCCGCCTCCCCANTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
genomic: TCCCCGCCTCCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
EST: gi|218489137|gb|FG964941.1|FG964941
EST:     CACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGT-CGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
genomic: CACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
EST: gi|29615310|gb|CB620322.1|CB620322
EST:     TCCCCACTCCCCGCTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
genomic: TCCCCACTCCCCG-TCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
EST: gi|29618049|gb|CB623061.1|CB623061
EST:     ACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
genomic: ACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
EST: gi|58599035|gb|CK009563.1|CK009563
EST:     CTCCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCTGTGCTCCGCAA
genomic: CTCCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCC-GTGCTCCGCAA
EST: gi|58596632|gb|CK007160.1|CK007160
EST:     ACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGTCCGAGGCGG-CAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
genomic: ACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
EST: gi|29687177|gb|CB683452.1|CB683452
EST:     ACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
genomic: ACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
EST: gi|58687026|gb|CK075713.1|CK075713
EST:     CCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGT-CGAGGCGG-GAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
genomic: CCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
EST: gi|218499248|gb|FG947277.1|FG947277
EST:     CCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
genomic: CCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
EST: gi|58602552|gb|CK013080.1|CK013080
EST:     CCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
genomic: CCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
EST: gi|218489781|gb|FG969217.1|FG969217
EST:     CCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGT-CGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
genomic: CCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
EST: gi|29618047|gb|CB623059.1|CB623059
EST:     CCCGCCTCCCCACTCCCCCTTTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
genomic: CCCGCCTCCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
EST: gi|218490697|gb|FG945225.1|FG945225
EST:     CCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
genomic: CCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
EST: gi|38475830|gb|CF959963.1|CF959963
EST:     CCGCCTCCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGTCCGAGGCGG-CGAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
genomic: CCGCCTCCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
EST: gi|218485188|gb|FG948603.1|FG948603
EST:     TCCCCGCCTCCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
genomic: TCCCCGCCTCCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
EST: gi|58600013|gb|CK010541.1|CK010541
EST:     CCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAG                         ATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG
genomic: CCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 54 (upstream exon), 71 (downstream exon)
Score: 23

CCCCCCTACTTAAGCCCGCCTCCCACTCGCTTAGCCGCCGCCGCCGCCTCTCCCCGCCTCCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctc ... cgctgcgcagATGGCGTCCGAGGCGGCCAAGGTGGTGGTGCCGGAGTCCGTGCTCCGCAAGAGGAAGCGGGAGGAGGTGTGGGCGGCCGCGAGCAAGGAGAAGGCCGTCG




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Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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CCCCCCTACTTAAGCCCGCCTCCCACTCGCTTAGCCGCCGCCGCCGCCTCTCCCCGCCTCCCCACTCCCCGTCTCCTCCTCCCTCACGCAGCTCGTCGAGgtaagagctcgtcgccggtagccattgccgccctgctcctctctgttcgctcgtcgccccgtcccgatctgaccctggtgggtttcgctgttcgctgcgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC