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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGGCGGCGGCGGCGGTAGCTGGGGCAGCATCGGCTCCGCCGCCGACCCGTTCGACATCCCGGCTAAGGGTGCTCCCGTCGAGAGTCTCAAAAAATGGCGGgtaagccgcacccgccggctctcagctgtagttgttgttttttttttcagctagattttgatgttatgcttgcgcagctccggtgatgttggtagtggat...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g51610.3
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58600052|gb|CK010580.1|CK010580
EST:     AGGGTGCTCCCGTCGAGAGTCTCAAAAAATGGCGG                         CAAGCAGCTCTAGTACTCAATGCATCCAGGCGCTTTAGATACACATTGGAC
genomic: AGGGTGCTCCCGTCGAGAGTCTCAAAAAATGGCGGgtaagccgca ... tctattgcagCAAGCAGCTCTAGTACTCAATGCATCCAGGCGCTTTAGATACACATTGGAC
EST: gi|88401968|gb|CI593680.1|CI593680
EST:     CGACATCCCGGCTAATGGTGCTCCCGTCGAGAGTCTCAAAAAATTGGCGG                         CAAGCAGCTCTAGTACTCAATGCATCCAGGCGCTTTAGATACACATTGGA
genomic: CGACATCCCGGCTAAGGGTGCTCCCGTCGAGAGTCTCAAAAAAT-GGCGGgtaagccgca ... tctattgcagCAAGCAGCTCTAGTACTCAATGCATCCAGGCGCTTTAGATACACATTGGA