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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCATCCCGGCGGCTCTCCGCCACCCGCATGCCCACGCCGCCGGCCTCCGCCTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTTAGgtaaaagaaaaatcatggcctgaatctcttcttcttctttttttttgtttcttagatgttttgtctaagttgttttggagcatctctcccgttaccttgg...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g46740.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88339807|gb|CI649064.1|CI649064
EST:     CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTT--                         --AGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
genomic: CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTTAGgtaaaagaaa ... tcttgcttagGCAGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
EST: gi|88740828|gb|CI763343.1|CI763343
EST:     CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTT--                         --AGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
genomic: CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTTAGgtaaaagaaa ... tcttgcttagGCAGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
EST: gi|58672683|gb|CK061369.1|CK061369
EST:     GGGAGA-CCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTT--                         --AGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
genomic: GGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTTAGgtaaaagaaa ... tcttgcttagGCAGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
EST: gi|88406435|gb|CI598928.1|CI598928
EST:     CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTT--                         --AGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
genomic: CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTTAGgtaaaagaaa ... tcttgcttagGCAGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
EST: gi|218505243|gb|FG948331.1|FG948331
EST:     CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTTAG                         GCAGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
genomic: CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTTAGgtaaaagaaa ... tcttgcttagGCAGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
EST: gi|58693740|gb|CK082427.1|CK082427
EST:     CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTT--                         --AGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
genomic: CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTTAGgtaaaagaaa ... tcttgcttagGCAGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
EST: gi|58677591|gb|CK066278.1|CK066278
EST:     CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTT--                         --AGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
genomic: CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTTAGgtaaaagaaa ... tcttgcttagGCAGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
EST: gi|88413348|gb|CI581363.1|CI581363
EST:     GCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTT--                         --AGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
genomic: GCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTTAGgtaaaagaaa ... tcttgcttagGCAGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
EST: gi|29620621|gb|CB625632.1|CB625632
EST:     CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTT--                         --AGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
genomic: CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTTAGgtaaaagaaa ... tcttgcttagGCAGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
EST: gi|88729886|gb|CI753107.1|CI753107
EST:     CTCCTCCGCTCCTCGGGAGAACCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTT--                         --AGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
genomic: CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTTAGgtaaaagaaa ... tcttgcttagGCAGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
EST: gi|88326323|gb|CI660146.1|CI660146
EST:     CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTT--                         --AGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
genomic: CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTTAGgtaaaagaaa ... tcttgcttagGCAGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
EST: gi|58693286|gb|CK081973.1|CK081973
EST:     CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTT--                         --AGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
genomic: CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTTAGgtaaaagaaa ... tcttgcttagGCAGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
EST: gi|88307368|gb|CI642011.1|CI642011
EST:     CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTT--                         --AGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
genomic: CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTTAGgtaaaagaaa ... tcttgcttagGCAGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
EST: gi|88720833|gb|CI744132.1|CI744132
EST:     CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTTAG                         GCAGGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCT
genomic: CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTTAGgtaaaagaaa ... tcttgcttagGCA-GGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCT
EST: gi|58592609|gb|CF990917.1|CF990917
EST:     CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTTAG                         GCAGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG
genomic: CTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTTAGgtaaaagaaa ... tcttgcttagGCAGGTTATGTGGAGTGCCATTAAAAAAGGGCCATGTGTACGCTGGTGCTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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CCATCCCGGCGGCTCTCCGCCACCCGCATGCCCACGCCGCCGGCCTCCGCCTCCTCCGCTCCTCGGGAGACCCCTGCCCGCCCTGCACCCTTCCGTTTAGgtaaaagaaaaatcatggcctgaatctcttcttcttctttttttttgtttcttagatgttttgtctaagttgttttggagcatctctcccgttaccttgg

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