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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCGCGAGTTCACCCGCCCGCCGCCTGCGGCGATCTCCATCCAGCGAGCAGCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtccatcctcttcgccatccctccctgccaacacctttttctttttctcgaattcgcgttaaccctagcttctctgctagatctggaggcgttt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g17710.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33654664|gb|CF277278.1|CF277278
EST:     GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTG                         GAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
genomic: GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtcc ... ttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
EST: gi|88422877|gb|CI615177.1|CI615177
EST:     GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTG                         GAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
genomic: GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtcc ... ttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
EST: gi|58673537|gb|CK062223.1|CK062223
EST:     GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTG                         GAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
genomic: GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtcc ... ttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
EST: gi|58653740|gb|CK042420.1|CK042420
EST:     GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTG                         GAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
genomic: GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtcc ... ttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
EST: gi|88573286|gb|CI664857.1|CI664857
EST:     GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTG                         GAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
genomic: GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtcc ... ttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
EST: gi|33654208|gb|CF276822.1|CF276822
EST:     GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTG                         GAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
genomic: GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtcc ... ttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
EST: gi|88327495|gb|CI646681.1|CI646681
EST:     GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTG                         GAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
genomic: GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtcc ... ttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
EST: gi|88729424|gb|CI752934.1|CI752934
EST:     GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTG                         GAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
genomic: GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtcc ... ttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
EST: gi|66917360|gb|CX104208.1|CX104208
EST:     TCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTG                         GAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
genomic: GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtcc ... ttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
EST: gi|218497275|gb|FG960321.1|FG960321
EST:     GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTG                         GAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
genomic: GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtcc ... ttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
EST: gi|88572064|gb|CI663635.1|CI663635
EST:     GCGGCGCCGGCGCCGGNGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTG                         GAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
genomic: GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtcc ... ttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
EST: gi|109974555|gb|DT806973.1|DT806973
EST:     GCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTG                         GAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
genomic: GCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtcc ... ttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
EST: gi|88349704|gb|CI632839.1|CI632839
EST:     GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTG                         GAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
genomic: GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtcc ... ttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
EST: gi|58674796|gb|CK063483.1|CK063483
EST:     GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTG                         GAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
genomic: GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtcc ... ttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
EST: gi|88328329|gb|CI651340.1|CI651340
EST:     GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTG                         GAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
genomic: GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtcc ... ttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
EST: gi|117220967|gb|CT861417.1|CT861417
EST:     GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTG                         GAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
genomic: GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtcc ... ttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
EST: gi|88720424|gb|CI743723.1|CI743723
EST:     GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTG                         GAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
genomic: GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtcc ... ttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
EST: gi|88761659|gb|CI771215.1|CI771215
EST:     GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTG                         GAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
genomic: GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtcc ... ttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
EST: gi|88424660|gb|CI606459.1|CI606459
EST:     GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTG                         GAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
genomic: GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtcc ... ttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
EST: gi|88342002|gb|CI644339.1|CI644339
EST:     GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTG                         GAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT
genomic: GCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtcc ... ttgttttcagGAGATGCCTCGCTATGATGATCATTATGGAAGCACACGCTTGTATGTTGGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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CTCGCGAGTTCACCCGCCCGCCGCCTGCGGCGATCTCCATCCAGCGAGCAGCGGCGCCGGCGCCGGCGTACCGCTGCTTCCGCCGCATCCTCTATCTCTGgtgagcgtccatcctcttcgccatccctccctgccaacacctttttctttttctcgaattcgcgttaaccctagcttctctgctagatctggaggcgttt

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