Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACCCCAAGTACGCGGAGCGGACATGGAAGGTCCTGGAGCACGCCATCCACGAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaaccccccgaggccccgcactcccatgatcctcccgcctcctgccgtcgccgtcgcgtttcccgcttggcgacctagatcctaccgccccgg...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g51180.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g51180.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G380184_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
ACCCCAAGTACGCGGAGCGGACATGGAAGGTCCTGGAGCACGCCATCCACGAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggt-acaaccccccgag--gccccgc---actcccatgatcctcccgcctcctgccgtcg-ccgtcgcgtttc--ccgcttggcgacctagatcctaccgccccgg
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| |||| | | |||||| ||| | | | | || | || | |||| || ||| || | || | | || || | |
ACCCCAAGTACGCGGAGCGGACATGGAAGGTCCTCGAGCACGCCATCCACGAGATCTACAACCGTAACGCCAGTGGTCTCTCCTTCGAGGAGCTTTACAGgtgggtcacacccccacaactcaccccgcgcaacttaccttacctggccatcaccgcctgtcggccttcggcttacggccattcgaagaattatgtgttt---------

upper sequence: LOC_Os02g51180.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA13G05310.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
ACCCCAAGTACGCGGAGCGGACATGGAAGGTCCTGGAGCACGCCATCCACGAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaaccccccgaggccccgcactcccatgatcctcccgcctcc-tgccgtcgcc--gtcgcgtttcccgct-tggcgacctagatcctaccgccccgg
| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||| || ||||| ||||||||| | || | | | | | | || | || | | | || || | | | || || | | ||| |
ATCCCAAGTACGCCGAGAAGACATGGAAGGTTCTGGAACACGCTATTCATGAGATATACAATCACAACGCTAGTGGCCTTAGCTTTGAAGAGCTTTACAGgttgattcattcgttcctttaattgtcaattaacgcttcttcgatttcaatactttaaccttgttgtgaattgtgcaatgaggttttggattattttcaa----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88501821|gb|CI696549.1|CI696549
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88454196|gb|CI694720.1|CI694720
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88665171|gb|CI707841.1|CI707841
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88351722|gb|CI617447.1|CI617447
EST:     GAGATCTAAAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88665236|gb|CI710003.1|CI710003
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|29664560|gb|CB660835.1|CB660835
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88665105|gb|CI709055.1|CI709055
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88390636|gb|CI609261.1|CI609261
EST:     GAGATCTACAATCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|58672562|gb|CK061248.1|CK061248
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88576865|gb|CI673399.1|CI673399
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88693420|gb|CI736995.1|CI736995
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCCGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGC
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGC
EST: gi|88369139|gb|CI679295.1|CI679295
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88353722|gb|CI633113.1|CI633113
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|29622026|gb|CB627037.1|CB627037
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88696408|gb|CI739983.1|CI739983
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88333457|gb|CI648628.1|CI648628
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88664854|gb|CI703766.1|CI703766
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAA
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAA
EST: gi|86851043|gb|CI311261.1|CI311261
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88369149|gb|CI679795.1|CI679795
EST:     AGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: AGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCC-TCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88716755|gb|CI740265.1|CI740265
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88664716|gb|CI701840.1|CI701840
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGA
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGA
EST: gi|88665096|gb|CI708857.1|CI708857
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGT
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGT
EST: gi|88664758|gb|CI702490.1|CI702490
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTG
EST: gi|88307960|gb|CI646395.1|CI646395
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88665146|gb|CI708397.1|CI708397
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCT
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCT
EST: gi|88389060|gb|CI595294.1|CI595294
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88425550|gb|CI569274.1|CI569274
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88664700|gb|CI701638.1|CI701638
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAG
EST: gi|88394876|gb|CI607603.1|CI607603
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACCATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAAC-ATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATG
EST: gi|88443617|gb|CI591842.1|CI591842
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88664403|gb|CI688594.1|CI688594
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCA
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCA
EST: gi|88454174|gb|CI694193.1|CI694193
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88344667|gb|CI637276.1|CI637276
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88369074|gb|CI678062.1|CI678062
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGG
EST: gi|88693170|gb|CI736745.1|CI736745
EST:     GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAG                         GAGTGCCTACAA
genomic: GAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 61 (upstream exon), 51 (downstream exon)
Score: 7

ACCCCAAGTACGCGGAGCGGACATGGAAGGTCCTGGAGCACGCCATCCACGAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaa ... atctgtgcagGAGTGCCTACAACATGGTGCTCCACAAGTATGGTGAGAAGCTATATGATGGCCTGGAGAGAACTATGACATGGCGCTTGAAGGAAATATCAAAATCAATA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ACCCCAAGTACGCGGAGCGGACATGGAAGGTCCTGGAGCACGCCATCCACGAGATCTACAACCACAACGCCAGTGGCCTCTCCTTCGAGGAGCTCTACAGgttggtacaaccccccgaggccccgcactcccatgatcctcccgcctcctgccgtcgccgtcgcgtttcccgcttggcgacctagatcctaccgccccgg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccccccg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gccccgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctcccgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gccgtcg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccgcccc