Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|117243421|gb|CT843457.1|CT843457EST: TTTGATTCGCT-AGCAGTTGGGTTCAGCCTTCCGGGCTCAGTTCAGTCTG ATGTGAATGGAAGTTTCATCACTATTCCAAGGTTGCTATTTTGATTAACTA
genomic: TTTGATTCG-TGAGCAGTTGGGTTCAGCCTTCCGGGCTCAGTTCAGTCTGgtgagatttc ... tcctttgcagATGTGAATGGAAGTTTCATCACTATTCCAAGGTTGCTATTTTGATTAACTA
EST:
gi|88827780|gb|CI778345.1|CI778345EST: GTTTGATTCGTGAGCAGTTGGGTTCAGCCTTCCGGGCTCAGTTCAGTCTG ATGTGAATGGAAGTTTCATCACTATTCCAAGGTTGCTATTTTGATTAACTA
genomic: GTTTGATTCGTGAGCAGTTGGGTTCAGCCTTCCGGGCTCAGTTCAGTCTGgtgagatttc ... tcctttgcagATGTGAATGGAAGTTTCATCACTATTCCAAGGTTGCTATTTTGATTAACTA
EST:
gi|58661910|gb|CK050590.1|CK050590EST: GTTTGATTCGTGAGCAGTTGGGTTCAGCCTTCCGGGCTCAGTTCAGTCTG ATGTGAATGGAAGTTTCATCACTATTCCAAGGTTGCTATTTTGATTAACTA
genomic: GTTTGATTCGTGAGCAGTTGGGTTCAGCCTTCCGGGCTCAGTTCAGTCTGgtgagatttc ... tcctttgcagATGTGAATGGAAGTTTCATCACTATTCCAAGGTTGCTATTTTGATTAACTA
EST:
gi|58600116|gb|CK010644.1|CK010644EST: GTTGGGTTCAGCCTTCCGGGCTCAGTTCAGTCTG ATGTGAATGGAAGTTTCATCACTATTCCAAGGTTGCTATTTTGATTAACTA
genomic: GTTGGGTTCAGCCTTCCGGGCTCAGTTCAGTCTGgtgagatttc ... tcctttgcagATGTGAATGGAAGTTTCATCACTATTCCAAGGTTGCTATTTTGATTAACTA
EST:
gi|88432612|gb|CI567651.1|CI567651EST: GTTTGATTCGTGAGCAGTTGGGTTCAGCCTTCCGGGCTCAGTTCAGTCTG ATGTGAATGGAAGTTTCATCACTATTCCAAGGTTGCTATTTTGATTAACTA
genomic: GTTTGATTCGTGAGCAGTTGGGTTCAGCCTTCCGGGCTCAGTTCAGTCTGgtgagatttc ... tcctttgcagATGTGAATGGAAGTTTCATCACTATTCCAAGGTTGCTATTTTGATTAACTA
EST:
gi|58659160|gb|CK047840.1|CK047840EST: GTTTGATTCGTGAGCAGTTGGGTTCAGCCTTCCGGGCTCAGTTCAGTCTG ATGTGAATGGAAGTTTCATCACGATTCCAAGGTTGCTATTTTGATTAACTA
genomic: GTTTGATTCGTGAGCAGTTGGGTTCAGCCTTCCGGGCTCAGTTCAGTCTGgtgagatttc ... tcctttgcagATGTGAATGGAAGTTTCATCACTATTCCAAGGTTGCTATTTTGATTAACTA
EST:
gi|58673781|gb|CK062467.1|CK062467EST: GTTTGATTCGTGAGCAGTTGGGTTCAGCCTTCCGGGCTCAGTTCAGTCTG ATGTGAATGGAAGTTTCATCACTATTCCAAGGTTGCTATTTTGATTAACTA
genomic: GTTTGATTCGTGAGCAGTTGGGTTCAGCCTTCCGGGCTCAGTTCAGTCTGgtgagatttc ... tcctttgcagATGTGAATGGAAGTTTCATCACTATTCCAAGGTTGCTATTTTGATTAACTA
EST:
gi|88723335|gb|CI746845.1|CI746845EST: GTTTGATTCGTGAGCAGTTGGGTTCAGCCTTCCGGGCTCAGTTCAGTCTG ATGTGAATGGAAGTTTCATCACTATTCCAAGGTTGCTATTTTGATTAACTA
genomic: GTTTGATTCGTGAGCAGTTGGGTTCAGCCTTCCGGGCTCAGTTCAGTCTGgtgagatttc ... tcctttgcagATGTGAATGGAAGTTTCATCACTATTCCAAGGTTGCTATTTTGATTAACTA
EST:
gi|44665427|gb|CR278861.1|CR278861EST: CCGGGCTCAGTTCAGTCTG ATGTGAATGGAAG-TTCATCACTATTCCAAGGTTGCTATTTTGATTAACTA
genomic: CCGGGCTCAGTTCAGTCTGgtgagatttc ... tcctttgcagATGTGAATGGAAGTTTCATCACTATTCCAAGGTTGCTATTTTGATTAACTA
RNA-Seq data
ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site
atgs Truncated intron sequence
Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.
Found data for 1 RNA-Seqlibrary.
Block sizes:
67 (upstream exon),
50 (downstream exon)
Score:
3CAACGCCTCTCCTGAGTAGAAAACCGCTACCGCTCGGCATCTTCCTTCTTGTTTGATTCGTGAGCAGTTGGGTTCAGCCTTCCGGGCTCAGTTCAGTCTGgtgagatttc ... tcctttgcagATGTGAATGGAAGTTTCATCACTATTCCAAGGTTGCTATTTTGATTAACTATAGCTTGTGGCAGTATTTGGCCATCTTGCCTGATAAATAACCAGTCATG
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