1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
AGCGCCAGCTTCTCGGCACGGGCCGTTGCATCCTCTCCATTCCATCCACCACCCACCCACCCATCCAACCTCCGCCCCCGGTATCCTTGAGCTGGAGGAGgtgggtgacggttgtaaggaatgatttccttctctacttatcctttttgttgccctttttgatgtctttgtgtggttgtag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g71280.1 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACCCACCCACCCATCCAACCTCCGCCCCCGGTATCCTTGAGCTGGAGGAG GTGGTGGTGGTGGATCACCTGTTCTTGGGATTCTGCTGCTGCGAGTGCGTGEST: gi|88694106|gb|CI738144.1|CI738144
genomic: ACCCACCCACCCATCCAACCTCCGCCCCCGGTATCCTTGAGCTGGAGGAGgtgggtgacg ... gtggttgtagGTGGTGGTGGTGGATCACCTGTTCTTGGGATTCTGCTGCTGCGAGTGCGTG
EST: ACCCACCCACCCATCCAACCTCCGCCCCCGGTATCCTTGAGCTGGAGGAG GTGGTGGTGGTGGATCACCTGTTCTTGGGATTCTGCTGCTGCGAGTGCGTGEST: gi|12622812|gb|AU173025.1|AU173025
genomic: ACCCACCCACCCATCCAACCTCCGCCCCCGGTATCCTTGAGCTGGAGGAGgtgggtgacg ... gtggttgtagGTGGTGGTGGTGGATCACCTGTTCTTGGGATTCTGCTGCTGCGAGTGCGTG
EST: ACCCACCCACCCATCCAACCTCCGCCCCCGGTATCCTTGAGCTGGAGGAG GTGGTGGTGGTGGATCACCTGTTCTTGGGATTCTGCTGCTGCGAGTGCGTGEST: gi|88389842|gb|CI626611.1|CI626611
genomic: ACCCACCCACCCATCCAACCTCCGCCCCCGGTATCCTTGAGCTGGAGGAGgtgggtgacg ... gtggttgtagGTGGTGGTGGTGGATCACCTGTTCTTGGGATTCTGCTGCTGCGAGTGCGTG
EST: ACCCACCCACCCATCCAACCTCCGCCCCCGGTATCCTTGAGCTGGAGGAG GTGGTGGTGGTGGATCACCTGTTCTTGGGATTCTGCTGCTGCGAGTGCGTGEST: gi|88387286|gb|CI580631.1|CI580631
genomic: ACCCACCCACCCATCCAACCTCCGCCCCCGGTATCCTTGAGCTGGAGGAGgtgggtgacg ... gtggttgtagGTGGTGGTGGTGGATCACCTGTTCTTGGGATTCTGCTGCTGCGAGTGCGTG
EST: ACCCACCCACCCATCCAACCTCCGCCCCCGGTATCCTTGAGCTGGAGGAG GTGGTGGTGGTGGATCACCTGTTCTTGGGATTCTGCTGCTGCGAGTGCGTG
genomic: ACCCACCCACCCATCCAACCTCCGCCCCCGGTATCCTTGAGCTGGAGGAGgtgggtgacg ... gtggttgtagGTGGTGGTGGTGGATCACCTGTTCTTGGGATTCTGCTGCTGCGAGTGCGTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGCGCCAGCTTCTCGGCACGGGCCGTTGCATCCTCTCCATTCCATCCACCACCCACCCACCCATCCAACCTCCGCCCCCGGTATCCTTGAGCTGGAGGAGgtgggtgacggttgtaaggaatgatttccttctctacttatcctttttgttgccctttttgatgtctttgtgtggttgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
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