1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
GGTAGCCCTCGTCGTGCTTGACGGATGGGGCGAGGCCAACGCCGACAAGTACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttccttgccacatgattatgatttggggtcatgcaattttttctgcctttaatgttgttagtgattgcaaattgcttttcttgttttattttct...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g60190.2 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGTATTCGCTCAAGAAT GGTTCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|88727473|gb|CI751128.1|CI751128
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|58605105|gb|CK033138.1|CK033138
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGTGCTCATGGAACAGCTGTTGGEST: gi|58687704|gb|CK076391.1|CK076391
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAG-GCTCATGGAACAGCTGTTGG
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTTCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|2312538|gb|C28693.1|C28693
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTNATGGATTCGCTCAAGAAT GGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|29636841|gb|CB641850.1|CB641850
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|88407542|gb|CI586383.1|CI586383
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|29634606|gb|CB639615.1|CB639615
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|58597783|gb|CK008311.1|CK008311
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTTCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|29633640|gb|CB638649.1|CB638649
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|25800076|gb|CA756037.1|CA756037
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|58606286|gb|CK034319.1|CK034319
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: CAACTGCATCCATGTCCGCC-AGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATGAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|58593381|gb|CF991689.1|CF991689
genomic: CAACTGCATCCATGTC-GCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCGTGGATTCGCTCAAGAAT GGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|29614142|gb|CB619155.1|CB619155
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTTCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|29687802|gb|CB684077.1|CB684077
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|87006706|gb|CI285740.1|CI285740
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|33675454|gb|CF303693.1|CF303693
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|58691250|gb|CK079937.1|CK079937
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTTCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|58670062|gb|CK058748.1|CK058748
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTTCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|29670486|gb|CB666761.1|CB666761
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|58667774|gb|CK056460.1|CK056460
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTTCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|58610007|gb|CK038040.1|CK038040
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|88762402|gb|CI771958.1|CI771958
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGTEST: gi|58690635|gb|CK079322.1|CK079322
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
EST: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAAT GGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
genomic: ACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttcc ... acattaaaagGGTGCTCCCGAGAGGTGGAGATTAGTGAAGGCTCATGGAACAGCTGTTGGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGTAGCCCTCGTCGTGCTTGACGGATGGGGCGAGGCCAACGCCGACAAGTACAACTGCATCCATGTCGCCCAGACGCCCGTCATGGATTCGCTCAAGAATgtatgcttccttgccacatgattatgatttggggtcatgcaattttttctgcctttaatgttgttagtgattgcaaattgcttttcttgttttattttct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA