Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCGATCTGTGGGTCGTAATGGTGATGTCAGACTGGTCCATGTTGTCTGGTCTCTTTCTGGATATGGATAGGAAAGTACAGAGGGAATTAACAGGATTGgtttgtcctttgcattctagttgctggcctgaattctgtcaattcttcaatttaatgacccttttctcctactgagcttctctaatttcttgatttcgacaatgtctgttcttgtgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g46750.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88574539|gb|CI666308.1|CI666308
EST:     GTCTCTTTCTGGATATGGATAGGAAAGTACAGAGGGAATTAACAGGATTG                         AATGGCCGTGGAGAAGTTCCCAGACAACAGAATGCTTGGTCACCGTGAGAT
genomic: GTCTCTTTCTGGATATGGATAGGAAAGTACAGAGGGAATTAACAGGATTGgtttgtcctt ... tcttgtgcagAATGGCCGTGGAGAAGTTCCCAGACAACAGAATGCTTGGTCACCGTGAGAT
EST: gi|88307009|gb|CI639440.1|CI639440
EST:     GTCTCTTTCTGGATATGGATAGGAAAGTACAGAGGGAATTAACAGGATTG                         AATGGCCGTGGAGAAGTTCCCAGACAACAGAATGCTTGGTCACCGTGAGAT
genomic: GTCTCTTTCTGGATATGGATAGGAAAGTACAGAGGGAATTAACAGGATTGgtttgtcctt ... tcttgtgcagAATGGCCGTGGAGAAGTTCCCAGACAACAGAATGCTTGGTCACCGTGAGAT