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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCCGCCGCCGCATCCACGCTCAGCAGCCATGGCGGTGGTCGAGCAGCCGCAGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgtcctcccattatactagtaagcaagtaggggtactcgtctggtctgtcgataactctcgttggcgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g01060.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|25798576|gb|CA754537.1|CA754537
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
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EST: gi|58592621|gb|CF990929.1|CF990929
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|163928909|gb|EG711946.1|EG711946
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
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EST: gi|86849113|gb|CI297643.1|CI297643
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|163918373|gb|EG714833.1|EG714833
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|55435164|gb|CV730712.1|CV730712
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|88586222|gb|CI703912.1|CI703912
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|38482123|gb|CF966180.1|CF966180
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|33802774|gb|CF327258.1|CF327258
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACT-CCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|88390165|gb|CI605618.1|CI605618
EST:     AGAAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGGTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCG
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EST: gi|55433259|gb|CV729681.1|CV729681
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTTGAATA-GNTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|163928665|gb|EG711202.1|EG711202
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|33808604|gb|CF330188.1|CF330188
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|88378510|gb|CI636457.1|CI636457
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
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EST: gi|66914074|gb|CX100922.1|CX100922
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
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EST: gi|88664967|gb|CI705946.1|CI705946
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|88316192|gb|CI620470.1|CI620470
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|163925877|gb|EG712277.1|EG712277
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|88741181|gb|CI764689.1|CI764689
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|58690682|gb|CK079369.1|CK079369
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|38482114|gb|CF966172.1|CF966172
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|38477454|gb|CF961587.1|CF961587
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|58587368|gb|CF985676.1|CF985676
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|88360342|gb|CI612061.1|CI612061
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|88320163|gb|CI671634.1|CI671634
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|86595938|gb|CI290212.1|CI290212
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|58594681|gb|CF992989.1|CF992989
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|33813592|gb|CF332680.1|CF332680
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACGACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|427982|gb|D24128.1|D24128
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|88388015|gb|CI590291.1|CI590291
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|163917701|gb|EG712087.1|EG712087
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|88576991|gb|CI673538.1|CI673538
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|33824165|gb|CF337896.1|CF337896
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|163922806|gb|EG712227.1|EG712227
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|568191|gb|D39026.1|D39026
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|88307838|gb|CI646273.1|CI646273
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|33661089|gb|CF292056.1|CF292056
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|33664686|gb|CF295653.1|CF295653
EST:     AGCTGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTTTTCGACATATCCCTCGCCGACTATCCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCA
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTA-CCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCA
EST: gi|88363903|gb|CI607213.1|CI607213
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|55432359|gb|CV729200.1|CV729200
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|27921122|gb|CB096930.1|CB096930
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|33656959|gb|CF279573.1|CF279573
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|38476792|gb|CF960925.1|CF960925
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|33690720|gb|CF318959.1|CF318959
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
EST: gi|325494134|gb|JG458658.1|JG458658
EST:     AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAG                         GTGAACGAAATATCCCTCGCCGACTAACTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC
genomic: AGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 70 (upstream exon), 71 (downstream exon)
Score: 59

GCCGCCGCCGCATCCACGCTCAGCAGCCATGGCGGTGGTCGAGCAGCCGCAGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgt ... gttggcgcagGTGAACGACATATCCCTCGCCGACTACCTCGCGGTGTCCTCGACGAAGCACGCCACCTACCTGCCGCACACGGCTGGCCGCTACTCGGCGAAGCGCTTCC




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GCCGCCGCCGCATCCACGCTCAGCAGCCATGGCGGTGGTCGAGCAGCCGCAGCAGCAGGTGGTGAAGCTCTTCAACTGCTGGTCCTTCGAAGACGTTCAGgtttgcctgtcctcccattatactagtaagcaagtaggggtactcgtctggtctgtcgataactctcgttggcgcag

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